Analisi di sequenziamento di SARS-CoV-2 con tecniche di Quality Control, Trimming, Mapping e Visualizzazione
Contenuto Repository:
- Zip delle history: "Progetto-Bioinformatica-SARS-CoV2.rocrate.zip" è l'history principale e comprende tutte le fasi del progetto sui dati senza trimming; "Primo-Tutorial-Mapping--Quality-Control-e-Trimming.rocrate.zip" è l'history del progetto realizzato seguendo i tutorial ed eseguendoli con i relativi dati; "Con-Trimming.rocrate.zip" è l'history della prova fatta con il Trimming.
*Per importare le history, basterà andare su Galaxy, nel pannello di sinistra cliccare su Histories/Import history/Upload local e inserire il file zip.
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File per visualizzazione in IGV: "Galaxy8-[Bowtie2 on data 1, data 3, and data 2_ alignments].bam" file BAM "Galaxy8-[Bowtie2_on_data_1,_data_3,_and_data_2__alignments] (1).bai" indice BAM
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Cartella documentazione e presentazione: deliverables/Bioinformatica.pdf documentazione deliverables/analisi-di-sequenziamento-di-SARS-CoV-2.pptx presentazione
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Datasets: NC_045512.2.fna genoma di riferimento CV1537_S1_L001_R1_001.fastq read1 CV1537_S1_L001_R2_001.fastq read2