CortexVisu

CortexVisu est une application de visualisation interactive de maillages 3D du cortex cérébral (format GIfTI .gii) avec :

• Colorimétrie dynamique (colormaps, plage personnalisée)
• Histogramme interactif des valeurs scalaires
• Options d’affichage (arêtes, wireframe, fond)
• Outils de dessin de texture manuelle
• Interface utilisateur simple et personnalisable

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Aperçu

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Installer et lancer l'application

Option 1 : Lancer via Docker

Lancer les commandes suivantes de votre terminal : Pour construire l'image docker (à faire un fois)

git clone https://github.com/maximedieudonne/cortexvisu.git
cd cortexvisu
docker build -t cortexvisu .

Pour lancer l'image :

docker run -d --name cortexvisu -p 8000:8000 -v [YOUR LOCAL DATA FOLDER PATH]:/data cortexvisu

[YOUR LOCAL DATA FOLDER PATH] est votre dossier ou se trouve votre base de données à visualiser (meshes + textures).

Pour les utilisateurs windows : le path doit etre en linux vu depuis wsl. Par exemple /mnt/c/data et non C:\data

Puis allez dans votre navigateur web à l'adresse localhost:8000

Option 2 : Lancer via le git clone

1. Clone le repo

git clone https://github.com/maximedieudonne/cortexvisu.git
cd cortexvisu

2. Installer Python + dépendances backend

Vous pouvez le faire via Conda ou via pip conda :

conda env create -f environment.yml
conda activate cortexvisu

pip:

pip install -r requirements.txt

3. Installer Node.js + dépendances frontend

Si npm ou node ne sont pas installés : Télécharger depuis https://nodejs.org

Ensuite, dans le dossier du projet :

npm install

Lancement de l'application

Puis pour lancer l'application

python launch_app.py

Cela :

• Compile le frontend (vite build)
• Lance le backend FastAPI (uvicorn)

vous devez ensuite ouvri le navigateur à http://localhost:8000