Este repositório contem a implementação de alguns modelos matemáticos usados para o estudo dos fenômenos ligados a carcinogênese. A estrutura de pastas se encontra da seguinte forma:
- Nome do modelo
- script gnuplot (arquivo plt)
- figura exemplo (arquivo tif)
Os scripts possuem comentários, indicados por #, antes de cada instrução com objetivo de elucidar sua finalidade para a geração do gráfico.
-
gnuplot
gnuplot é um programa de linha de comando, de código aberto, que pode desenhar gráficos a partir de funções ou dados fornecidos. -
ImageMagick
ImageMagick é um programa, de código aberto, para tratar imagens através da linha de comando.
Antes de iniciar a instalação, é necessário atualizar o índice de pacotes do linux:
sudo apt-get updateInstalar gnuplot:
sudo apt-get install gnuplot-x11Instalar ImageMagick:
sudo apt-get install imagemagick- Nesta página, clicar no botão verde com o texto clone or
download e baixar arquivo zip.
- Descompactar arquivo zip pela linha de comando:
unzip modelos-matematicos-cancer-master.zip- Mudar para o diretório em que se deseja gerar o gráfico:
cd modelos-matematicos-cancer-master/Exponencial/
- Executar o script usando o gnuplot:
gnuplot exponencial.pltOs comandos acima são um exemplo para o caso que se deseja gerar os gráficos do modelo exponencial. Para gerar os gráficos dos demais modelos, basta alterar o diretório (passo 3) e o nome do script (passo 4).
O arquivo gerado estará no formato eps (Encapsulated PostScript, um formato vetorizado), mas caso desejável é possível converter para outros formatos de arquivo através do ImageMagick. Como, por exemplo, o formato tif:
convert -flatten -density 300 -depth 8 -compress lzw exponencial.eps exponencial.tif- -flatten: remove transparência
- -density: especifica a resolução (em dots per inch)
- -depth: determina a profundidade de cor
- -compress: comprime imagem com algoritmo especificado