Acazaubiel patch parquet ref note

.Rprofile

@@ -101,18 +101,3 @@ reminder_image <- function(path = "moncheminperso"){
   )
 }
 
-message(
-  cat(
-    c("Projet source de la documentation utilitR",
-      "-----------------------------------------",
-      "",
-      "Pour pr\u00E9visualiser la version web de l'ouvrage: ",
-      "   * Option 1: utiliser l'onglet 'Build' dans Rstudio;",
-      "   * Option 2: taper dans la commande R:
-         bookdown::render_book(\"index.Rmd\", output_dir = \"_public\", output_format = \"utilitr::bs4_utilitr\")",
-      "",
-      "Ne pas oublier d'installer le package 'utilitr' avant pour disposer des mod\u00E8les de documents: 
-         remotes::install_github(\"https://github.com/InseeFrLab/utilitr-template\")"),
-    sep = "\n"
-  )
-)

.github/pull_request_template.md

@@ -1,3 +1,5 @@
+<!-----------
+
 **Compléter une description indicative ici.**
 
 Si la modification est associée à une *issue*, elle peut être identifiée par son numéro, par exemple `#10`.
@@ -17,7 +19,7 @@ En faisant cette *pull request*, je confirme que :
 - [ ] J'ai lu le [guide des contributeurs](CONTRIBUTING.md)
 - [ ] Ma proposition respecte les canons formels de la documentation `utilitR`
 - [ ] Les exemples de code `R` ont été testés sur ma machine
-- [ ] J'ai testé, sur ma machine, que la documentation compile avec mes ajouts (`bookdown::render_book("index.Rmd", output_dir = "_public", output_format = "utilitr::bs4_utilitr")`
-produit un résultat
-- [ ] Si j'y suis invité (cela ne fonctionne pas pour toutes les `pull requests`), je consulte le site de prévisualisation `https://www.${BRANCH_NAME}--preview-docr.netlify.app/`
+- [ ] J'ai testé, sur ma machine, que la documentation compile avec mes ajouts (`quarto::quarto_preview()`) produit un résultat
+- [ ] Si j'y suis invité (cela ne fonctionne pas pour toutes les `pull requests`), je consulte le site de prévisualisation `https://${BRANCH_NAME}--preview-docr.netlify.app/`
 
+-------------->

.github/workflows/bookdown-test.yaml

@@ -21,29 +21,15 @@ jobs:
         env:
           GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
         uses: actions/checkout@master
-      - name: Checkout Repository
-        if: ${{ github.repository != 'inseefrlab/utilitr' }}
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
-        uses: actions/checkout@master
       - name: Install Dependencies
         if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
         run: |
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('r-spatial/sf', dependencies = TRUE)"
+          Rscript -e "install.packages(c('remotes', 'htmltools', 'sf'))"
         env:
           GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
-      - name: Install Dependencies
-        if: ${{ github.repository != 'inseefrlab/utilitr' }}
-        run: |
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('r-spatial/sf', dependencies = TRUE)"
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
       - name: Render Book
-        run: Rscript -e 'bookdown::render_book("index.Rmd", output_format = "utilitr::bs4_utilitr", output_dir = "_public")'
+        run: |
+          quarto render
       - uses: actions/upload-artifact@v2
         with:
           name: _public
@@ -53,7 +39,7 @@ jobs:
         if: ${{ github.event.pull_request.head.repo.full_name == github.repository }}
         uses: actions/setup-node@v2          
         with:
-          node-version: '12'        
+          node-version: '14'        
       - name: Deploy to Netlify
         if: ${{ github.event.pull_request.head.repo.full_name == github.repository }}
         # NETLIFY_AUTH_TOKEN and NETLIFY_SITE_ID added in the repo's secrets

.github/workflows/pagedown-test.yaml

@@ -13,11 +13,6 @@ jobs:
         env:
           GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
         uses: actions/checkout@master
-      - name: Checkout Repository
-        if: ${{ github.repository != 'inseefrlab/utilitr' }}
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
-        uses: actions/checkout@master
       - name: Install Dependencies
         if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
         env:
@@ -27,15 +22,6 @@ jobs:
           Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/rmarkdown')"
           Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/pagedown')"
           Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
-      - name: Install Dependencies
-        if: ${{ github.repository != 'inseefrlab/utilitr' }}
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
-        run: |
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/rmarkdown')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/pagedown')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
       - name: Render Book
         run: |
           mkdir _pagedown_output -p

.github/workflows/prod.yaml

@@ -42,11 +42,11 @@ jobs:
           context: .
           tags: |
             inseefrlab/utilitr:latest
-            inseefrlab/utilitr:0.8.0      
+            inseefrlab/utilitr:0.9.1      
       -
         name: Image digest
         run: echo ${{ steps.docker_build.outputs.digest }}
-  bookdown-prod:
+  website:
     if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
     needs: docker
     runs-on: ubuntu-latest
@@ -59,12 +59,13 @@ jobs:
       - name: Install Dependencies
         run: |
           Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/rmarkdown')"
           Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
+          Rscript -e "remotes::install_github('r-spatial/sf', dependencies = TRUE)"
         env:
           GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
       - name: Render Book
-        run: Rscript -e 'bookdown::render_book("index.Rmd", output_dir = "_public", output_format = "utilitr::bs4_utilitr")'
+        run: |
+          quarto render
       - uses: actions/upload-artifact@v2
         with:
           name: _public
@@ -85,28 +86,28 @@ jobs:
           npm install --unsafe-perm=true netlify-cli -g
           netlify init
           netlify deploy --prod --dir="_public" --message "Deploy master"
-  pagedown:
-    if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
-    runs-on: ubuntu-latest
-    needs: docker
-    container: inseefrlab/utilitr:latest
-    steps:
-      - name: Checkout Repository
-        uses: actions/checkout@master
-      - name: Install Dependencies
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
-        run: |
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/rmarkdown')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/pagedown')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
-      - name: Render Book
-        run: |
-          mkdir _pagedown_output -p
-          Rscript -e "utilitr::pdf_document()"
-      - uses: actions/upload-artifact@v2
-        with:
-          name: DocumentationR_pagedown
-          path: _pagedown_output/DocumentationR.pdf
-          retention-days: 5
+  # pagedown:
+  #   if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
+  #   runs-on: ubuntu-latest
+  #   needs: docker
+  #   container: inseefrlab/utilitr:latest
+  #   steps:
+  #     - name: Checkout Repository
+  #       uses: actions/checkout@master
+  #     - name: Install Dependencies
+  #       env:
+  #         GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
+  #       run: |
+  #         Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
+  #         Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/rmarkdown')"
+  #         Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/pagedown')"
+  #         Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
+  #     - name: Render Book
+  #       run: |
+  #         mkdir _pagedown_output -p
+  #         Rscript -e "utilitr::pdf_document()"
+  #     - uses: actions/upload-artifact@v2
+  #       with:
+  #         name: DocumentationR_pagedown
+  #         path: _pagedown_output/DocumentationR.pdf
+  #         retention-days: 5

.gitignore

@@ -6,6 +6,9 @@
 _book
 old
 
+quarto.deb
+.lintr
+
 _book/*.html
 _book/*.pdf
 _book/*.log
@@ -31,3 +34,13 @@ rapport étonnement CT.rtf
 
 pics_resized/*
 _pagedown_output/*
+
+# chapitre targets
+_targets.R
+_targets/*
+mesfonctions_*.R
+resources/targets/_targets/*
+data/donnes_entrees.csv
+/.quarto/
+_targets/
+/resources/rmarkdown/chunk*

01_R_Insee/Fiche-personnaliser-R.Rmd → 01_R_Insee/Fiche-personnaliser-R.qmd

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 L'agent souhaite personnaliser sa configuration de `R`. Cette personnalisation consiste à définir certaines actions ou valeurs qui seront effectuées automatiquement à l'ouverture d'une session `R`.
 
-::: {.recommandation}
+::: {.callout-recommandation .icon}
 
 **La personnalisation de `R` doit être maniée avec précaution**, car personnaliser votre environnement de travail, c'est prendre le risque de rendre vos travaux difficiles à reproduire. Cette fiche vous explique ce que la personnalisation peut apporter, et ce pour quoi elle ne doit pas être utilisée.
 
@@ -22,7 +22,7 @@ L'agent souhaite personnaliser sa configuration de `R`. Cette personnalisation c
 Dès ses origines, `R` a été conçu pour offrir une grande souplesse d'utilisation. Cette souplesse engendre toutefois une complexité dans les procédures d'initialisation de `R`. La [documentation](https://cran.r-project.org/web/packages/startup/vignettes/startup-intro.html) sur le lancement de `R` montre d'ailleurs toute la complexité de la chose :
 
 
-```{r, eval = FALSE}
+```{r entree_fiche_personnaliser_R, eval = FALSE}
 help("Startup")
 ```
 
@@ -78,7 +78,7 @@ Un tel fichier n'est pas constitué de code `R`, mais de paires **nom=valeur**.
 * il modifie des variables internes à `R` (telles que `_R_CHECK_LENGTH_1_CONDITION_`  et `_R_CHECK_LENGTH_1_LOGIC2_`) ;
 * il **contient une ligne vide finale** : cette ligne vide est indispensable, ne l'oubliez jamais !
 
-::: {.conseil}
+::: {.callout-conseil .icon}
 Voici **deux conseils importants** sur l'usage du fichier d'environnement `.Renviron` :
 
 - il est recommandé d'être très prudent dans la personnalisation du fichier d'environnement ;
@@ -92,9 +92,9 @@ La méthode la plus simple pour modifier le fichier `.Renviron` est la suivante
 3. Sauvegarder le fichier.
 3. Relancer `R`, via `Session > Restart R` ou <kbd>Ctrl</kbd> + <kbd>⇧ Shift</kbd> + <kbd>F10</kbd> dans `RStudio`.
 
-::: {.specificite}
+::: {.callout-insee .icon}
 Comme dans de nombreuses institutions, la navigation sur Internet depuis un poste de l'Insee est contrôlée par un *proxy* (intermédiaire entre le *web* et un ordinateur). Il est indispensable de paramétrer l'adresse du _proxy_ pour que `R` puisse accéder à Internet (par exemple pour télécharger un _package_). Pour ce faire, vous pouvez récupérer l'adresse du _proxy_ de l'Insee en exécutant la commande suivante :
-```{r, eval=FALSE}
+```{r ie_get_proxy_for_url, eval=FALSE}
 curl::ie_get_proxy_for_url()
 ```
 
@@ -105,20 +105,6 @@ https_proxy=adresse_du_proxy
 ```
 :::
 
-::: {.remarque}
-Il faut être prudent lorsqu'on modifie des variables internes à `R`, car ces modifications peuvent aboutir à ce que les résultats des scripts ne soient pas reproductibles. Par exemple, `R` a un comportement potentiellement incohérent dans le cas suivant : 
-```{r warning=TRUE}
-vecteurbooleen <- c(TRUE, FALSE)
-if (vecteurbooleen) {
-  message("Je suis vrai !")
-} else {
-  message("Je suis faux !")
-}
-```
-
-Lorsqu'une condition porte sur un vecteur de booléens (`TRUE` ou `FALSE`), `R` utilise uniquement le premier élément du vecteur pour vérifier si condition est remplie, et renvoie un simple avertissement à l'utilisateur. Toutefois, il est possible de modifier ce comportement par défaut en indiquant `_R_CHECK_LENGTH_1_CONDITION_ = "TRUE"` dans le fichier `.Renviron` : `R` renverra alors une erreur et stoppera le code si `R` doit vérifier une condition sur un vecteur au lieu d'un simple scalaire. Dans ce cas, le code précédent ne renverra rien du tout et s’arrêtera avec une erreur. En revanche, chez un autre utilisateur dont le fichier `.Renviron` ne contient pas ce réglage, il n'y aura pas d'erreur. Le même code aboutit donc à des résultats différents en raison de différences dans les variables d'environnement.
-:::
-
 Il est possible de modifier les paramètres de son environnement ou d'en générer d'autres après l'ouverture de la session `R`, avec la commande `Sys.setenv()`. Vous pouvez par exemple exécuter la commande `Sys.setenv("MON_API_INSEE"="jamais")`. De même, la fonction `Sys.getenv()` permet de lister certaines valeurs présentes dans l'environnement actuel. Toutefois, toutes les procédures d'initialisation de R se seront déjà déroulées alors avec les anciennes valeurs, définies par défaut. Cette subtilité peut être importante !
 
 
@@ -164,7 +150,7 @@ La fonction `options()` affiche les valeurs actuellement chargées pour les opti
 
 Un exemple plus réaliste de `.Rprofile` peut être trouvé [ici](https://github.com/InseeFrLab/utilitR/blob/master/.Rprofile) : c'est le fichier qui permet notamment de réaliser la documentation `utilitR`. Notez notamment le message à l'ouverture du projet. Avoir des fonctions n'est pas forcément interdit, tant que ces fonctions sont également partagées, comme c'est le cas dans ce projet !
 
-::: {.conseil}
+::: {.callout-conseil .icon}
 Il n'est nullement obligatoire de définir des réglages spécifiques avec un fichier `.Rprofile`. Toutefois, si vous le faites, il est fortement conseillé de :
 
 * travailler dans le `.Rprofile` d'un projet, et non pas le `.Rprofile` général de votre profil d'utilisateur ;