3.0.3

PyMOL AI Assistant v3.0.3 发布说明

🎉 重大更新

视觉模型支持 - 核心新功能 ✨

• 新增视觉模型配置：支持启用视觉能力（Vision）的AI模型，你可以直接导入图片说“照着这张图的样子给我做一份”。（需要模型支支持视觉输入，并在配置页面中勾选上视觉模型。）建议使用Kimi-k2.5模型。
• Kimi-K2.5 支持：完美支持 Moonshot AI 的 Kimi-K2.5 视觉模型
• PyMOL 视图工具：新增 pymol_screenshot 工具，支持截取 PyMOL 当前视图
• 智能图像传输：AI可以直接"看到" PyMOL 中的分子结构，提供更精准的分析和建议

🔧 功能优化

Markdown 渲染

• 改用标准库：使用成熟的 markdown 库替代自定义渲染器
• 完整语法支持：支持 GitHub Flavored Markdown，包括表格、代码块、链接等
• 深色主题适配：自动应用深色主题样式，与UI完美融合

依赖安装优化

• 清华镜像源：使用 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple
• 下载加速：特别是对中国用户，依赖包下载速度显著提升

LiteLLM 优化

• 禁用 costmap：不再从 GitHub 加载成本映射，避免网络问题
• 性能提升：减少不必要的网络请求，启动速度更快

📋 用户体验改进

日志系统

• 长数据截断：日志中过长的 base64 图像数据会被截断显示
• 性能优化：避免日志输出过多影响性能

工具调用

• 视觉模型检测：截图工具仅在视觉模型启用时可用，避免无效调用
• 智能提示：非视觉模型使用时提供友好的错误提示

📝 版本信息

• 版本号：3.0.3
• 发布日期：2026-03-24
• 新增依赖：markdown 库

🚀 升级指南

配置视觉模型

1. 打开 AI Assistant 配置页面
2. 选择提供商为 Moonshot AI 或siliconflow等支持视觉的提供商
3. 选择模型为 Kimi-K2.5或其它支持视觉的多模态模型，目前我只能测试kimi
4. 勾选"视觉模型"选项
5. 保存配置

使用截图功能

• 在对话中直接要求："截取当前视图并分析"
• AI 将自动截图并基于图像内容进行分析
• 适用于需要可视化分析的场景

🔗 下载链接

• GitHub：https://github.com/Masterchiefm/pymol-ai-assistant/releases/download/3.0.3/pymol-ai-assistant-v3.0.3.zip
• Gitee（中国用户推荐）：https://gitee.com/MasterChiefm/pymol-ai-assistant/releases/download/3.0.3/pymol-ai-assistant-v3.0.3.zip

💡 使用示例

视觉分析示例

截取当前视图并告诉我这个分子的主要特征

结合工具调用

加载1ake结构，然后截图分析它的二级结构

🔬 技术亮点

• 视觉理解能力：AI可以直接分析分子结构图像
• 无缝集成：截图工具与 PyMOL 深度集成
• 智能降级：非视觉模型自动隐藏相关功能
• 高效传输：base64 编码传输，支持多种图像格式

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Made with ❤️ and AI

3.0.2

PyMOL AI Assistant v3.0.2 发布说明

🎉 新功能

Markdown 渲染支持

• 新增 markdown_renderer 模块，支持基本 Markdown 语法渲染

🔧 优化

依赖安装

• 添加清华镜像源：http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple
• 加快依赖包下载速度，特别是对中国用户
• 添加 --trusted-host 参数以支持 http 镜像源

LiteLLM 优化

• 禁用从 GitHub 加载 costmap，避免网络问题
• 设置 drop_params = True 忽略不支持的参数
• 设置 suppress_debug_info = True 抑制调试信息
• 设置 set_verbose = False 禁用详细输出

📁 清理

• 删除误提交的源码压缩包 pymol-ai-assistant-master.zip
• 保持代码库清洁

🚀 安装方式

1. 从 GitHub 或 Gitee 下载 pymol-ai-assistant.zip
2. 在 PyMOL 中通过 Plugin Manager卸载旧版，
3. 重启 PyMOL 即可安装新版使用

🔗 下载链接

• GitHub：https://github.com/Masterchiefm/pymol-ai-assistant/releases/latest
• Gitee（中国用户推荐）：https://gitee.com/MasterChiefm/pymol-ai-assistant/releases

💡 使用提示

• AI 回复现在会自动渲染 Markdown 格式，代码块会有特殊样式
• 依赖安装会优先使用清华镜像源，下载速度更快

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Made with ❤️ and AI

3.0.1

PyMOL AI Assistant v3.0.1

🎉 主要更新

🔧 修复工具调用兼容性问题

解决了 GLM-5、KIMI 等模型无法连续调用工具的问题，支持多种供应商的多种模型。

技术细节：改用非流式调用（non-streaming），LiteLLM 会自动将各提供商的特定格式转换为标准 OpenAI tool_calls JSON 格式。

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🐛 Bug 修复

• 修复消息框右键菜单黑色背景问题，添加深色主题样式
• 修正 "token" 翻译为 "词元"（AI/NLP 领域标准翻译）

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📥 安装

下载 pymol-ai-assistant.zip 后，通过 PyMOL Plugin Manager 安装：

1. PyMOL → Plugin → Plugin Manager
2. 点击 "Install New Plugin"
3. 选择下载的 zip 文件
4. 重启 PyMOL

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🙏 致谢

本版本主要使用 Kimi K2.5 和 GLM-5协助开发。

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完整更新日志: v2.2.0...v3.0.1

2.1.0

v2.1.0 发布说明

更新内容 🎉 新功能

1. 使用 OpenAI Python SDK

   • 将 AI 客户端从 requests 改为使用官方 OpenAI SDK
   • 更好的兼容性和稳定性

2. 自动更新检查

   • 插件启动时自动检查新版本
   • 支持 Gitee 和 GitHub 双源检查
   • 添加更新提示对话框（类似"关于"窗口）
   • 根据语言自动跳转到对应下载页面（中文→Gitee，英文→GitHub）

3. 增强工具提示词

   • pymol_color : 详细列出所有可用颜色和特殊着色模式
   • pymol_run_script : 详细说明命名空间选项和可访问的内置对象
   • pymol_do_command : 改进错误捕获，显示具体命令执行结果

4. 改进错误处理

   • pymol_do_command 现在可以捕获并报告 PyMOL 命令执行错误
   • pymol_color 修复 rainbow 着色模式参数错误
   • pymol_bg_color 处理空颜色参数

5. 支持特殊模型工具调用格式

   • 兼容 Kimi-K2.5 等模型的特殊工具调用格式（ <|tool_call_begin|>... ）

v1.4.2

提示词增强
update system prompt

v1.4.1

bug fix
add english
rewrite the gui

v1.3.1

• 内容:

• 修复 thinking 模式下工具调用报错问题
• 更换为 PyMOL 风格深色主题
• 优化滚动条样式
• 配置项"默认"改为"当前使用"

下载下面的zip 格式source code即可