AI-assisted research knowledge management system inspired by MindFlow.
ReadPaperMachine 是一个基于 Obsidian 的科研知识管理系统。核心理念：
- Markdown-native：一切皆文件，一切可读，一切有版本控制
- AI-driven：AI Agent 作为 Researcher，阅读技能定义（SKILL.md）后直接读写 Markdown 文件执行工作流
- Zero backend：无需 Python 后端、数据库或 API 层。Vault 就是应用状态
ReadPaperMachine/
├── Papers/ # 论文笔记（YYMM-ShortTitle.md）
├── Topics/ # 文献调研与分析报告
├── Ideas/ # 研究 idea
├── DomainMaps/ # 核心认知地图
├── Reports/ # 生成的报告
├── Projects/ # 项目追踪
├── Meetings/ # 会议记录
│
├── Templates/ # 笔记模板
├── skills/ # 科研 Skill 定义（13 个）
├── references/ # 协议文档
│
├── Workbench/ # Researcher 工作状态
│ ├── agenda.md # 研究议程
│ ├── queue.md # 待办队列
│ ├── memory/ # 蒸馏记忆
│ ├── logs/ # 每日操作日志
│ └── evolution/ # 演化记录
│
├── docs/SPEC.md # 系统规范
└── AGENTS.md # Researcher 身份与指令
所有科研工作流通过 skills/ 中的 Markdown Skill 文件定义：
| 类别 | Skills |
|---|---|
| 1-literature | paper-digest, literature-survey |
| 2-ideation | idea-generate, idea-evaluate |
| 3-experiment | experiment-design, experiment-track, result-analysis |
| 4-writing | draft-section, writing-refine |
| 5-evolution | memory-distill, agenda-evolve, memory-retrieve |
| 6-orchestration | autoresearch |
每个 Skill 定义在 skills/<category>/<name>/SKILL.md，AI Agent 读取后按 Steps 执行，遵守 Guard 约束，通过 Verify 检查。
本系统设计为与 Claude Code 或其他 AI Coding Agent 配合使用。Agent 作为 Researcher，按照 AGENTS.md 中定义的身份和研究原则自主工作。
日常使用：
- 直接让 Agent 执行
/paper-digest <url>消化论文 - 让 Agent 自主推进研究：
autoresearch
MIT