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MAJ discours sur openxls vs read_excel pour les imports #453

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Jan 19, 2023
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MAJ discours sur openxls vs read_excel pour les imports #453

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d75d82c
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ddotta Nov 15, 2022
37c1250
correction orthographe
ddotta Nov 15, 2022
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14 changes: 9 additions & 5 deletions 03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.Rmd
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Expand Up @@ -6,7 +6,7 @@ L'utilisateur souhaite importer dans `R` des données issues de tableurs (extens

::: {.recommandation}
- **Il est recommandé d'utiliser la fonction `read.xlsx()` du _package_ `openxlsx` pour importer des fichiers `xlsx`.**
- **Il est recommandé d'utiliser la fonction `read_excel()` du _package_ `readxl` pour importer des fichiers `xls`.** Cette fonction peut également importer des fichiers `xlsx`, mais elle est moins rapide que la fonction `read.xlsx()` du _package_ `openxlsx`.
- **Il est recommandé d'utiliser la fonction `read_excel()` du _package_ `readxl` pour importer des fichiers `xlsx` ou `xls`.** Pour les fichiers `xlsx`, la fonction `read.xlsx()` du _package_ `openxlsx` peut également être utilisée même s'il est un peu moins performante que `read_excel()` sur les gros fichiers (voir [ici](https://stackoverflow.com/questions/44538199/fast-way-to-read-xlsx-files-into-r)).
- **Il est recommandé d'utiliser la fonction `read_ods` du _package_ `readODS` pour importer des fichiers `ods`.**

Il est déconseillé d'utiliser le _package_ `xlsx`.
Expand Down Expand Up @@ -51,7 +51,7 @@ Dans l'exemple suivant, on n'importe qu'une plage de données (`A1:D5`) de l'ong

### Importer un fichier `xlsx` avec le _package_ `openxlsx`

Pour importer un fichier au format `xlsx`, il est recommandé d'utiliser la fonction `read.xlsx()` du *package* `openxlsx`, en particulier si le fichier est volumineux. Cette fonction permet de charger les données du tableur dans un `data.frame`. Il ne faut pas oublier de charger le _package_ avec `library`.
Pour importer un fichier au format `xlsx`, la fonction `read.xlsx()` du *package* `openxlsx` peut être utilisée pour des fichiers de tailles raisonnables. Cette fonction permet de charger les données du tableur dans un `data.frame`. Il ne faut pas oublier de charger le _package_ avec `library`.
```{r}
library(openxlsx)
```
Expand Down Expand Up @@ -119,16 +119,20 @@ head(mesDonnees, 4)
`nom-de-variable` dans Excel devient `nom.de.variable` dans `R`.
- Le paramètre `sep.names` permet de définir le caractère par lequel remplacer les espaces.

::: {.remarque}
Pour l'exportation de données au format `xlsx`, le _package_ `openxlsx` est à privilégier car il présente de multiples options très pratiques pour personnaliser les exports. Les deux vignettes du package sur ce sujet apportent quelques exemples des potentialités d'écriture de classeurs `xlsx`. [La première](https://ycphs.github.io/openxlsx/articles/Introduction.html) présente notamment l'utilisation de la fonction `write.xlsx()` et la seconde illustre quelques possibilités autour de la fonction `writeData()`.
:::

### Importer un fichier `xls` avec le _package_ `readxl`

Pour importer un fichier au format `xls`, vous pouvez utiliser la *fonction* `read_excel()` du *package* `readxl`. Cette fonction permet également d'importer un fichier au format `xlsx` peu volumineux. Si vous voulez importer un fichier `xlsx` volumineux, il est préférable d'utiliser `openxlsx`. Il ne faut pas oublier de charger le _package_ avec `library`.
Pour importer un fichier au format `xls` ou `xlsx`, il est recommandé d'utiliser la *fonction* `read_excel()` du *package* `readxl`. Cette fonction permet en effet d'importer des fichiers volumineux de manière plus rapide que le package `openxlsx`. Les données du tableur sont alors chargées dans un `tibble` (voir la fiche [Manipuler des données avec le `tidyverse`] pour en apprendre davantage sur le `tibble`). Il ne faut pas oublier de charger le _package_ avec `library`.
```{r}
library(readxl)
```

#### Comment utiliser la fonction `read_excel()`

La fonction `read_excel()` du _package_ `readxl` permet d’importer des données directement depuis un fichier au format `xls` ou `xlsx`. Voici les principaux arguments et options de `read_excel()` :
Voici les principaux arguments et options de `read_excel()` :

| Argument | Valeur par défaut | Fonction |
|------------------|-----------------------|--------------------------------------------------------------------------------------------|
Expand All @@ -146,7 +150,7 @@ La fonction `read_excel()` du _package_ `readxl` permet d’importer des donnée

Les exemples qui suivent vous présentent l'utilisation de la fonction `read_excel` dans quelques cas courants.

* **Utilisation la plus simple** : on importe toutes les données du premier onglet, en supposant que la première ligne contient les noms de variables. On obtient alors un `tibble`(voir la fiche [Manipuler des données avec le `tidyverse`] pour en apprendre davantage sur le `tibble`).
* **Utilisation la plus simple** : on importe toutes les données du premier onglet, en supposant que la première ligne contient les noms de variables.

```{r}
mesDonnees <- readxl::read_excel(path = chemin_xls)
Expand Down