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Rapport d'Audit et de Documentation des Données et Visuels HAWRA

Ce document présente un audit complet de l'état du système (vérification des tests) et une documentation détaillée des fichiers de données et images générés par le projet.

1. État du Système

1.1 Tests Unitaires

  • Simulateur Unifié (03_unified_simulator/tests/):

    • test_simulator.py: Succès (100%). Couverture fonctionnelle OK (décohérence, GRN, impulsions).
    • test_nos_exactness.py: Succès. Exactitude des séquences génétiques.
    • test_plasmid_genbank.py: Succès. Parsing des fichiers .gb.
    • test_bundles.py: Échec attendu. Les archives ZIP (HAWRA_preprint_bundle.zip, HAWRA_full_archive.zip) sont absentes de l'environnement de développement (générées uniquement pour la distribution).

  • Compilateur Arbol (arbol/tests/):

    • test_compiler.py: Succès. Génération correcte de BSIM.
    • test_lexer.py: Succès. Tokenization robuste.
    • test_parser.py: Succès. Parsing de la grammaire Arbol.

Conclusion Système: Le cœur fonctionnel (simulateur, compilateur) est sain et opérationnel. Les échecs de tests sont liés à l'absence d'artefacts de packaging, ce qui est normal en phase de développement.

2. Documentation des Données et Visuels

Le workspace contient trois répertoires principaux de résultats, correspondant à différentes phases ou pipelines de simulation.

2.1 Répertoire 03_unified_simulator/results/

Résultats bruts des simulations unitaires et comparaisons de protocoles.

  • Images (.png):

    • comparison_pulses_*.png: Comparaisons de réponses à différents trains d'impulsions (40ms/60ms, intensités variées). Visualise l'efficacité du contrôle.
    • final_state_comparison.png / final_state_probabilities.png: États quantiques finaux après simulation (P700 excité vs relaxé).
    • gene_spectral_response.png: Réponse des gènes (expression) en fonction de la longueur d'onde du stimulus (spectre d'action).
    • phytoqmmml_quantum_counts*.png: Histogrammes de mesures quantiques pour les démos d'apprentissage automatique (PhytoQMML).
    • spectral_sweep.png: Résultat graphique du balayage spectral (efficacité vs longueur d'onde).

  • Données (.csv, .json):

    • consolidated_metrics.csv: Métriques agrégées de plusieurs runs (stabilité, cohérence moyenne).
    • spectral_sweep.csv: Données brutes de la réponse spectrale.
    • one_shot_output.json: Sortie JSON complète d'une simulation unique (historique env/bio/quantum).

2.2 Répertoire 05_data/results/

Données consolidées et visualisations avancées (3D, génomique).

  • Génomique & Structure:

    • genetic_visualization/hawra_plasmid_map.png: Carte circulaire du plasmide HAWRA (gènes, promoteurs).
    • hawra_plasmid.gb: Fichier GenBank du plasmide validé.
    • plasmid_pqpe_3d.gif / pqpe_plasmid_3d.gif: Animations 3D de la structure du plasmide ou de la dynamique associée.

  • Simulations Dynamiques:

    • bsim_convergence.png: Courbes de convergence pour les simulations BSIM (stabilisation du GRN).
    • grn_dynamics.png: Évolution temporelle des concentrations de protéines dans le réseau de régulation.
    • simulation_log.json / simulation_results.json: Logs détaillés des étapes de simulation multiphysique.
    • bsim_metrics.json / grn_stats.csv: Statistiques de performance (taux de production, erreurs).

2.3 Répertoire results/ (Racine)

Entrepôt global des résultats, incluant les expériences Arbol et les figures de publication.

  • Expériences Arbol (arbol_experiments/):

    • parameter_sweep/: Sous-dossiers par configuration (ex: deg_0.05_syn_0.2 = dégradation 0.05, synthèse 0.2). Chaque dossier contient simulation.json et simulation.png.
    • pulse_response/: Réponse temporelle à un stimulus impulsionnel type.

  • Figures Clés:

    • multiphysics_simulation/: Rapports complets (report.md) et graphiques (.png) des simulations couplées (Env + Bio + Quantum).
    • p700_simulation/: Dynamique du qubit P700 (sphère de Bloch p700_bloch_sphere_decoherence.gif, décroissance p700_coherence_decay.png).
    • hawra_poc_execution*.gif: Animations GIF montrant l'exécution d'une preuve de concept (PoC) complète.
    • sensitivity_analysis.png: Analyse de sensibilité (impact des variations de paramètres sur la sortie).
    • coherence_and_light.png / coherence_plot.png: Corrélation entre l'intensité lumineuse et la cohérence quantique.
    • biological_history.png / environment_history.png / quantum_history.png: Traces temporelles séparées par domaine physique.

  • Rapports:

    • rapport_final.md: Synthèse globale des résultats.
    • validation_report.md: Rapport de validation des modèles contre des données théoriques/expérimentales.

3. Synthèse

Le projet dispose d'une chaîne de production de données complète et vérifiable :

  1. Code (Arbol/Python) -> Tests (Unitaires OK)
  2. Simulation (Unified Simulator) -> Données Brutes (JSON/CSV)
  3. Analyse (Scripts) -> Visualisations (PNG/GIF) et Rapports (MD).

Les fichiers présents couvrent l'ensemble du spectre, de la définition génétique (.gb) à la dynamique quantique (Bloch sphere), validant l'approche multiphysique intégrée.