-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
pulpo.html
255 lines (251 loc) · 10.1 KB
/
pulpo.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
<!DOCTYPE html>
<html>
<!-- General information and directives of this page. -->
<head>
<title>Carlos H. Borca - Recursos - Octopus</title>
<link href="styles/main.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
</head>
<!-- Links menu in spanish. -->
<ul class="nav">
<li><a href="indice.html"/>Principal</a></li>
<li><a href="acerca.html"/>Acerca de mí</a></li>
<li><a href="investigacion.html"/>Investigación</a></li>
<li><a href="personas.html"/>Personas</a></li>
<li><a href="publicaciones.html"/>Publicaciones</a></li>
<li><a href="eventos.html"/>Eventos</a></li>
<li><a href="iniciativas.html"/>Iniciativas</a></li>
<li><a href="recursos.html"/><b>Recursos</b></a></li>
<li><a href="octopus.html"/>English</a></li>
</ul>
<!-- Title and stylish image background. -->
<div>
<img style="border: 0px solid; width: 100%; height: auto;"
title="Header"
src="design/encabezado.png"
alt="" hspace="0" vspace="0"/>
</div>
<!-- This is where the content of the page starts. -->
<div class="resources" align="justify">
<center><h1>Recursos: <font color="gray">Octopus</font></h1></center>
</div>
<!-- Resources menu in english. -->
<ul class="resources">
<li><a href="libpfe.html"/>LibEFP</a></li>
<!-- <li><a href="gromacs.html"/>GROMACS</a></li> -->
<li><a href="pulpo.html"/><b>Octopus</b></a></li>
<!-- <li><a href="q-chem.html"/>Q-Chem</a></li> -->
<!-- <li><a href="gamess.html"/>GAMESS</a></li> -->
<!-- <li><a href="psi4.html"/>Psi4</a></li> -->
<!-- <li><a href="mopac.html"/>MOPAC2016</a></li> -->
</ul>
<div class="resources" align="justify">
<h2>Contenido</h2>
<ol><li><a href="pulpo.html#What"/>¿Qué es Octopus?</a></li>
<li><a href="pulpo.html#Octopus">Página Web de Octopus</a></li>
<li><a href="pulpo.html#How">¿Cómo compilar Octopus 5.0.0 (Versión de desarrolladores)?</a>
<ol><li><a href="pulpo.html#Ubuntu">En Ubuntu 14.04 LTS</a>
<ol><li><a href="pulpo.html#Preparing">Preparación del sistema operativo</a></li>
<li><a href="pulpo.html#Installing">Instalación de las bibliotecas básicas requeridas</a></li>
<li><a href="pulpo.html#Cleaning">Limpieza de bibliotecas en desuso</a></li>
<li><a href="pulpo.html#scientific">Compilación de bibliotecas científicas</a></li>
<li><a href="pulpo.html#download">Descarga de Octopus a través de SVN</a></li>
<li><a href="pulpo.html#configuration">Preparación de la configuración de Octopus</a></li>
<li><a href="pulpo.html#checking">Compilación y chequeo Octopus</a></li>
<li><a href="pulpo.html#paths">Creación de rutas del sistema para Octopus</a></li>
</ol>
</li>
</ol>
</li>
</ol>
<h2><a name="What">¿Qué es Octopus?</a></h2>
<p>
Octopus es un programa científico dirigido a la experimentación virtual ab initio en una gama cada vez más amplia de tipos de sistemas. Los electrones se describen mecánico-cuánticamente dentro de la teoría del funcional de la densidad (DFT), y en su forma dependiente del tiempo (TDDFT) al hacer simulaciones en el tiempo. Los núcleos se describen clásicamente como partículas puntuales. La interacción electrón-núcleo se describe dentro de la aproximación de pseudopotenciales.
</p>
<p>
Para una ejecución de óptimo rendimiento, Octopus ha sido paralelizado usando MPI y OpenMP y puede escalar a decenas de miles de procesadores. También soporta ejecución en unidades de procesamiento gráfico (GPU) a través de OpenCL.
</p>
<p>
Octopus es un programa gratuito, lanzado bajo licencia GPL, por lo que se pueden descargar, usarlo y modificarlo libremente.
</p>
<p>
Soy desarrollador de Octopus de nivel primate. Mi trabajo se ha relacionado principalmente con la implementación de <a href="http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.102.073005"/>corrección de Tkatchenko-Scheffler para interacciones de van der Waals</a> en aproximaciones estándar al funcional de la densidad.
</p>
<h2><a name="Octopus">Página Web de Octopus</a></h2>
<p>
Para encontrar información más detallada acerca de Octopus, vaya a: <a href="http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Main_Page"/>OctopusWiki - TDDFT.org</a>
</p>
<h2><a name="How">¿Cómo compilar Octopus 5.0.0 (Versión de desarrolladores)?</a></h2>
<p>
Tal vez, la parte más difícil de usar Octopus es compilarlo correctamente.
</p>
<h3><a name="Ubuntu">En Ubuntu 14.04 LTS</a></h3>
<p>
Este es un método eficaz para compilar Octopus en <a href="http://www.ubuntu.com/desktop"/>Ubuntu Desktop 14.04 LTS</a>. Se basa en la sección "slow instructions" del manual de Octopus, y fue probada por última vez el 14 de septiembre de 2015:
</p>
<h4><a name="Preparing">Preparación del sistema operativo</a></h4>
<p>
Asegúrese de que su sistema está al día.
</p>
<div class="code">
sudo apt-get update<br>
sudo apt-get upgrade<br>
sudo apt-get dist-upgrade<br>
</div>
<h4><a name="Installing">Instalación de las bibliotecas básicas requeridas</a></h4>
<p>
Instale los compiladores.
</p>
<div class="code">
sudo apt-get install build-essential<br>
sudo apt-get install gfortran<br>
</div>
<p>
Instale las bibliotecas de matemáticas
</p>
<div class="code">
sudo apt-get install libatlas-dev<br>
sudo apt-get install libblas-dev<br>
sudo apt-get install liblapack-dev<br>
</div>
<p>
Instale la biblioteca Fast Fourier Transform 3.
</p>
<div class="code">
sudo apt-get install libfftw3*
</div>
<p>
Install SVN.
</p>
<div class="code">
sudo apt-get install subversion
</div>
<h4><a name="Cleaning">Limpieza de bibliotecas en desuso</a></h4>
<p>
Limpie el sistema.
</p>
<div class="code">
sudo apt-get autoremove<br>
sudo apt-get autoclean<br>
sudo apt-get clean<br>
</div>
<h4><a name="scientific">Compilación de bibliotecas científicas</a></h4>
<p>
Compile la biblioteca científica de GNU.
</p>
<div class="code">
cd /tmp/<br>
sudo -s<br>
wget <a href="ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-1.9.tar.gz">ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-1.9.tar.gz</a><br>
tar -xvf gsl-1.9.tar.gz<br>
cd gsl-1.9/<br>
./configure<br>
make<br>
make install<br>
exit<br>
</div>
<p>
Además de instalar la biblioteca Fast Fourier Transform 3, también necesitará compilar la versión 3.3.4.
</p>
<div class="code">
cd /tmp/<br>
sudo -s<br>
wget <a href="http://www.fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz">http://www.fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz</a><br>
tar -xvf fftw-3.3.4.tar.gz<br>
cd fftw-3.3.4/<br>
./configure<br>
make<br>
make install<br>
exit<br>
</div>
<p>
Compile la biblioteca XC.
</p>
<div class="code">
cd /tmp/<br>
sudo -s<br>
wget <a href="http://www.tddft.org/programs/octopus/down.php?file=libxc/libxc-2.1.2.tar.gz">http://www.tddft.org/programs/octopus/down.php?file=libxc/libxc-2.1.2.tar.gz</a><br>
mv down.php\?file\=libxc%2Flibxc-2.1.2.tar.gz libxc-2.1.2.tar.gz<br>
tar -xvf libxc-2.1.2.tar.gz<br>
cd libxc-2.1.2/<br>
./configure<br>
make<br>
make install<br>
exit<br>
</div>
<h4><a name="download">Descarga de Octopus a través de SVN</a></h4>
<p>
Cree un directorio para descargar el código fuente de Octopus.
</p>
<div class="code">
cd ~/<br>
mkdir ~/Installers<br>
mkdir ~/Installers/Octopus-5.0.0<br>
</div>
<p>
Obtenga la última versión de Octopus usando SVN.
</p>
<div class="code">
cd ~/Installers/Octopus-5.0.0/<br>
svn co http://www.tddft.org/svn/octopus/trunk<br>
cd ~/Installers/Octopus-5.0.0/trunk/<br>
autoreconf -i<br>
</div>
<h4><a name="configuration">Preparación de la configuración de Octopus</a></h4>
<p>
Busque en qué parte de su sistema están ubicadas las bibliotecas relevantes.
</p>
<div class="code">
whereis libblas.a liblapack.a libfftw3.a
</div>
<p>
Exporte los correspondientes indicadores para el <em>script</em> <em class="code">configure</em>.
</p>
<div class="code">
export LIBS_BLAS=/usr/lib/libblas.a<br>
export LIBS_LAPACK=/usr/lib/liblapack.a<br>
export LIBS_FFT=/usr/local/lib/libfftw3.a<br>
</div>
<h4><a name="checking">Compilación y chequeo de Octopus</a></h4>
<p>
Compile Octopus.
</p>
<div class="code">
./configure --prefix=$HOME/octopus --with-gsl-prefix=/usr/local --with-libxc-prefix=/opt/etsf<br>
make clean<br>
make<br>
make install<br>
</div>
<p>
Verifique la instalación mediante los archivos de pruebas precargados.
</p>
<div class="code">
make check
</div>
<h4><a name="paths">Creación de rutas del sistema para Octopus</a></h4>
<p>
Cree rutas de sistema para los binarios de Octopus en su <em class="code">.profile</em>.
</p>
<div class="code">
export PATH="~/octopus/bin:$PATH"
</div>
</div>
<!-- This is where the content of the page ends. -->
<!-- Copyright information. -->
<div class="bottom">
<img style="border: 0px solid; width: 100%; height: auto;"
title="Bottom"
src="main/bottom.png"
alt="" hspace="0" vspace="0"/>
</div>
<footer>
<center>© 2025 Carlos H. Borca</center>
</footer>
<script>
(function(i,s,o,g,r,a,m){i['GoogleAnalyticsObject']=r;i[r]=i[r]||function(){
(i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o),
m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m)
})(window,document,'script','https://www.google-analytics.com/analytics.js','ga');
ga('create', 'UA-76513146-1', 'auto');
ga('send', 'pageview');
</script>
</html>