diff --git a/.claude/commands/branch-plan.md b/.claude/commands/branch-plan.md
new file mode 100644
index 0000000..cf66fa3
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/branch-plan.md
@@ -0,0 +1,51 @@
+---
+description: 設計 / 檢查 / 調整 branch 結構（atoms 目錄分類）
+argument-hint: "[可選：propose | review | split <branch> | merge <A> <B> | rename <old> <new>]"
+---
+
+## /branch-plan — Branch 結構規劃
+
+Branch（`atoms/<branch>/`）是這個知識庫的骨架。依 `CLAUDE.md` 與 `METHODOLOGY.md` Phase 1 的規範操作，**絕不自行新增 / 改名 / 合併 branch，必須由使用者確認**。
+
+### 子指令（由 `$ARGUMENTS` 判讀）
+
+#### `propose`（預設，當 `atoms/` 還是空的）
+- 讀使用者給的 raw/ 清單或對話中描述的知識領域
+- 提議一組 branch（每個附上一段 boundary 定義）
+- 每個 branch 必須同時滿足四條件：**Independence / Scale（預期 5+ atoms）/ Clear boundary / Teaching independence**
+- 只提議，**不建立目錄**；由使用者勾選後再實際建立 `atoms/<branch>/` 資料夾
+
+#### `review`
+- 掃 `atoms/` 下每個 branch
+- 依 CLAUDE.md「When to merge / remove」「When to split」條款給建議：
+  - Hollow（<3 atoms 且無成長軌跡）→ 考慮合併 / 併入 tag
+  - Overlap（>50% atoms 與另一 branch tags 重疊）→ 合併或重劃邊界
+  - Bloat（>30 atoms 且自然成群）→ 考慮拆分
+- 把建議寫到 `lint-report.md` 的 `## Branch Review` 區塊
+
+#### `split <branch>`
+- 讀 `atoms/<branch>/` 所有 atoms
+- 提議 2–3 個子群的分法，每個附新 branch 邊界
+- 使用者確認後：
+  1. 建新 branch 目錄
+  2. 搬移 atoms、更新每顆 frontmatter `id`
+  3. Recompile 受影響的 wiki 頁
+  4. `scripts/log-append.sh "Branch split: <old> → <new-1>, <new-2>"`
+
+#### `merge <A> <B>`
+- 讀兩 branch 所有 atoms，評估是否真的該合併
+- 使用者確認後：搬移 → 改 id → recompile → log
+
+#### `rename <old> <new>`
+- 改目錄、改所有 atom frontmatter 的 `id` 前綴、改所有 wiki 檔名前綴與 `[[link]]`
+- 跑 `gen-index.sh` + `lint.sh` 確認無 ghost links
+- log-append
+
+### 硬性規則
+
+- **最終定奪在使用者**：AI 不知道你的教學定位與內容差異化，只提議
+- **Branch 只用小寫連字號**（`harness-engineering` 不是 `HarnessEngineering` 或 `harness_engineering`）
+- **不要 `rm`**：被淘汰的 branch 整個搬到 `atoms/_archive/<branch>/`
+
+### 使用者參數
+$ARGUMENTS
diff --git a/.claude/commands/compile.md b/.claude/commands/compile.md
new file mode 100644
index 0000000..0206a3f
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/compile.md
@@ -0,0 +1,40 @@
+---
+description: 從 atoms/ 編譯 wiki 頁面（依 CLAUDE.md schema）
+argument-hint: "[可選：branch 名稱或 topic，例如 mcp 或 mcp-server-design]"
+---
+
+## /compile — 編譯 atoms 為 wiki 頁面
+
+依據 `CLAUDE.md` 與 `METHODOLOGY.md` Phase 6 執行 Compile 操作。
+
+### 流程
+
+1. **選定範圍**：
+   - 若 `$ARGUMENTS` 指定了 branch（例如 `mcp`），列出該 branch 所有 atoms，提議 3–8 顆一組的頁面切分
+   - 若指定了 topic（例如 `mcp-server-design`），直接針對該主題選 atoms
+   - 若未指定，先讀 `atoms/` 結構，向使用者提議要 compile 的優先順序
+2. **並行鎖定檔名**：若要並行編譯多頁，**先**列好完整 slug 清單（`<branch>-<topic-slug>.md`），取得使用者確認後再分派；agent 填內容不命名檔案。
+3. **逐頁編譯**：
+   - 檔名 `<branch>-<topic-slug>.md`，全小寫連字號
+   - 第一行必須是 `# Title`
+   - 相關概念首次出現用 `[[slug]]` 連結（slug 必須對應已存在的 wiki 檔）
+   - 1500–2500 字為目標；>2500 考慮拆，<800 考慮合併
+   - 時間敏感主張用具體版本 / 日期（`v3.5`、`as of 2026-04`），避免 `目前` / `最新` / `現在`
+   - 頁尾列出來源 atoms：`*Compiled from atoms: branch/slug-a, branch/slug-b, ...*`
+4. **收尾**：
+   ```bash
+   ./scripts/gen-index.sh
+   ./scripts/lint.sh
+   ./scripts/log-append.sh "Compile: 新增/更新 <slug>.md（來自 N 顆 atoms）"
+   ```
+5. 若 `lint.sh` 報 error（不是 warning），先修完再宣告完成。
+
+### 硬性規則
+
+- **不要 patch wiki 掩蓋 atom 層問題**：wiki 錯是因 atom 錯 → 回去修 atom 再 recompile
+- **不要用粗體 / 斜體補救不清楚的寫作**：需要強調才看得懂 = 該重寫
+- **不要單顆 atom 一頁**：典型 3–8 顆 atoms 合成一頁
+- **並行 compile 一定要先鎖 slug**：否則會出現 `mcp-server.md` 與 `mcp-server-design.md` 這種命名碰撞
+
+### 使用者參數
+$ARGUMENTS
diff --git a/.claude/commands/ingest.md b/.claude/commands/ingest.md
new file mode 100644
index 0000000..70d55a0
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/ingest.md
@@ -0,0 +1,35 @@
+---
+description: 從 raw/ 擷取新素材為 atoms（依 CLAUDE.md schema）
+argument-hint: "[可選：要處理的 raw/ 子路徑或檔名，如 raw/posts-2026-04.md]"
+---
+
+## /ingest — 擷取原始素材為 atoms
+
+依據 `CLAUDE.md` 與 `METHODOLOGY.md` 的規範執行 Ingest 操作。
+
+### 流程
+
+1. **掃描 raw/**：若 `$ARGUMENTS` 有指定檔案 / 子路徑，只處理該範圍；否則列出 `raw/` 內所有新檔案並詢問要先處理哪一批。
+2. **Phase 2 分段分類**：對每段內容標記 `extract` / `skip` / `deferred`，並依 `METHODOLOGY.md` 表格的預期萃取率做為對照。
+3. **Phase 3 萃取**：
+   - 每顆 atom 一個核心主張（one atom, one claim）
+   - frontmatter 嚴格照 `CLAUDE.md` 的欄位，不要發明欄位
+   - 檔名 `YYYY-MM-DD-<slug>.md`，全小寫、用連字號
+   - 不知道該放哪個 branch 時列為 deferred candidate，**不要自行新增 branch**；先向使用者確認
+4. **首批校準**：第一批 10–20 段後，主動向使用者匯報分類與萃取品質，取得確認後再繼續。
+5. **收尾**：
+   ```bash
+   ./scripts/gen-index.sh
+   ./scripts/log-append.sh "Ingest: <來源> → <branch>/... 新增 N 顆 atoms"
+   ```
+
+### 硬性規則
+
+- **raw/ 唯讀**：不可修改 raw/ 下任何檔案
+- **atoms 不可變**：已建立的 atom 不可編輯；要更新請建新 atom + 舊 atom 加 `superseded_by` + 搬到 `_archive/`
+- **保留作者語氣**：這是個人知識庫，不是中性百科
+- **不要複製貼上**：要精煉，不是加個標題就算 extract（見 METHODOLOGY.md 的「Bad atom vs Good atom」對照）
+- **source_ids 必填**：沒有來源追溯的 atom 無法稽核
+
+### 使用者參數
+$ARGUMENTS
diff --git a/.claude/commands/lint.md b/.claude/commands/lint.md
new file mode 100644
index 0000000..6bb39ad
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/lint.md
@@ -0,0 +1,51 @@
+---
+description: 執行兩層 Lint（先 programmatic，再 LLM）
+argument-hint: "[可選：programmatic | llm | full（預設 full）]"
+---
+
+## /lint — 兩層 Lint
+
+依據 `CLAUDE.md` 的 Lint 規範執行。
+
+### 流程
+
+參數 `$ARGUMENTS` 決定要跑哪層（預設 `full`）。
+
+#### 1. Programmatic Lint
+
+```bash
+./scripts/lint.sh
+```
+
+產出 `lint-report.md`，檢查四項：
+- Ghost Links（指向不存在頁的連結）— **error**
+- Orphan Pages（沒被任何頁連結過來的頁）— warning
+- Format Violations（首行非 `# title`、檔名含大寫/底線）— **error**
+- Outdated Markers（`最新版`、`截至 YYYY` 等時效字眼）— warning
+
+若有 error，先修；error 全清才繼續 LLM Lint。
+
+#### 2. LLM Lint
+
+只在 programmatic 通過後執行。讀 `index.md` + 所有 `wiki/*.md`（**不讀 atoms** — Lint 檢的是 wiki 層品質），檢查：
+
+1. **Contradictions（矛盾）**— A 頁說 X 是 best practice，B 頁說 X 已 deprecated → 兩邊都標，附路徑與引文
+2. **Concept gaps（概念缺口）**— 多頁提到某概念但沒有專屬頁 → 列為候選新頁
+3. **Expired claims（過期主張）**— 版本號 / 日期 / 時效字眼 → 驗證或標記
+4. **Weak orphans（弱連結）**— 技術上有連結但與其他頁概念關聯薄弱
+
+**輸出**：append 到 `lint-report.md` 的 `## LLM Lint` 區塊，依嚴重度排序（contradictions > concept gaps > expired > weak orphans）。
+
+#### 3. 動作
+
+- 決定要修哪些 → 改 atom → 重新 compile 受影響的 wiki 頁
+- 記錄：`./scripts/log-append.sh "Lint: 修正 N 項（contradictions: X, expired: Y ...）"`
+
+### 硬性規則
+
+- **不要在 wiki 層硬修掩蓋 atom 問題**：錯在 atom，就回去改 atom
+- **atoms 不可編輯**：發現 atom 錯 → 建新 atom + 舊的加 `superseded_by` + 搬 `_archive/`
+- **不要刪 wiki 頁 / atom**：改用 `_archive/`
+
+### 使用者參數
+$ARGUMENTS
diff --git a/.claude/commands/query.md b/.claude/commands/query.md
new file mode 100644
index 0000000..3cfb802
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/query.md
@@ -0,0 +1,26 @@
+---
+description: 從 wiki 查答案（先讀 index.md 定位，不掃全庫）
+argument-hint: "<問題>"
+---
+
+## /query — 從知識庫查詢
+
+依據 `CLAUDE.md` 的 Query 規範執行。
+
+### 流程
+
+1. **讀 `index.md`** 定位：絕對不要一次載入整個 wiki。
+2. **載入命中的頁面**：只讀 index.md 指向的相關頁，合成回答。
+3. **明確區分**：
+   - 「這是 wiki 裡已有的內容」
+   - 「這是我基於 wiki 的綜合推論」
+4. **引用來源**：列出你讀了哪些 wiki 頁（slug）。
+5. **回寫判斷**：若你的綜合回答本身值得留存（新的視角 / 整合），主動提議寫回為新 atom（告知建議 branch 與 slug，取得使用者同意後再建立）。
+
+### 硬性規則
+
+- **別把 wiki 當 source of truth** — atoms 才是。若答案有疑問，追到 atom。
+- **不要硬編造**：wiki 沒有就老實說沒有；不要拿訓練資料填空而不標示。
+
+### 使用者問題
+$ARGUMENTS
diff --git a/.claude/commands/refresh.md b/.claude/commands/refresh.md
new file mode 100644
index 0000000..6864b9d
--- /dev/null
+++ b/.claude/commands/refresh.md
@@ -0,0 +1,28 @@
+---
+description: 重建 index.md、追加 log.md（任何變更後必跑）
+argument-hint: "<這次變更的一句話描述>"
+---
+
+## /refresh — 變更後收尾
+
+任何 Ingest / Compile 或動到 wiki 之後，一定要跑這個，保持 `index.md` 與 `log.md` 同步。
+
+### 流程
+
+1. **重建 index**：
+   ```bash
+   ./scripts/gen-index.sh
+   ```
+2. **記錄變更**：
+   ```bash
+   ./scripts/log-append.sh "$ARGUMENTS"
+   ```
+   若 `$ARGUMENTS` 為空，先向使用者要一句話描述（例如 `"Compile: 新增 mcp-server-design.md（來自 5 顆 atoms）"`）。
+3. **檢查 log.md 第一行是否正確、日期是否正確**（`log-append.sh` 會 prepend 在 header 後）。
+
+### 何時不需要 lint
+
+`/refresh` 不自動跑 lint。動過 wiki 頁（新增 / 修改）後請另外執行 `/lint`。
+
+### 使用者參數
+$ARGUMENTS
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index ff26aa3..acc0cdc 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -24,6 +24,10 @@ lint-report.md
 # Personal notes / analysis (not for the public repo)
 GAP-ANALYSIS.md
 
+# ─── Secrets ───
+.env
+.env.*
+
 # ─── Python / OS / editor noise ───
 Python/
 __pycache__/
diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md
index 651769c..bcfecf9 100644
--- a/CLAUDE.md
+++ b/CLAUDE.md
@@ -1,8 +1,40 @@
-# CLAUDE.md — Schema for LLMs operating this repo
+# CLAUDE.md
+
+This file provides guidance to Claude Code (claude.ai/code) when working with code in this repository.
+
+---
+
+## Quick commands
+
+All scripts live in `scripts/` and require Bash (Git Bash or WSL on Windows).
+
+```bash
+# After every Ingest or Compile run — in this order:
+bash scripts/gen-index.sh                    # rebuild index.md
+bash scripts/log-append.sh "what you did"    # append to log.md
+
+# After Compile, also run:
+bash scripts/lint.sh                         # programmatic Lint → lint-report.md
+```
+
+### Claude Code skills (invoke from chat)
+
+| Skill | When to use |
+|-------|-------------|
+| `/ingest` | Extract atoms from raw/ material |
+| `/compile` | Synthesize atoms into wiki pages |
+| `/query` | Answer a question from the wiki |
+| `/lint` | Run both programmatic + LLM Lint layers |
+| `/refresh` | Rebuild index.md + append log.md |
+| `/branch-plan` | Design or audit branch structure |
+
+---
+
+## Schema for LLMs operating this repo
 
 You are operating on a knowledge base built on the LLM Wiki pattern (Karpathy 2026), with four optimizations: an atom layer, topic-branch organization, two-layer Lint, and parallel-compile naming locks.
 
-This file is the formal spec — read it before touching anything. Mental model, operations, file formats, lifecycle rules, and what you must never do.
+Read everything below before touching anything. Mental model, operations, file formats, lifecycle rules, and what you must never do.
 
 ---
 
diff --git a/scripts/gen-index.sh b/scripts/gen-index.sh
index 42691a4..cf27558 100644
--- a/scripts/gen-index.sh
+++ b/scripts/gen-index.sh
@@ -9,23 +9,10 @@ WIKI_DIR="$(cd "$(dirname "$0")/../wiki" && pwd)"
 INDEX="$WIKI_DIR/../index.md"
 
 # ─── Branch order and display names ───
-# Edit this array for your branches. Leave empty (declare -a BRANCHES=())
-# to auto-discover by filename prefix and capitalize display names automatically.
-#
-# Reference implementation uses these 11 branches in this order:
-declare -a BRANCHES=(
-  "harness-engineering|Harness Engineering"
-  "mcp|MCP"
-  "ai-skills|AI Skills"
-  "vibe-coding|Vibe Coding"
-  "ai-agent|AI Agent"
-  "self-media|Self-Media"
-  "product-business|Product & Business"
-  "claude-code|Claude Code"
-  "context-engineering|Context Engineering"
-  "career-mindset|Career & Mindset"
-  "developer-workflow|Developer Workflow"
-)
+# Edit this array once your branch set stabilizes. Empty array = auto-discover
+# branches by filename prefix (everything before first hyphen), and capitalize
+# display names automatically.
+declare -a BRANCHES=()
 
 # ─── Auto-discover branches if not overridden ───
 if [ ${#BRANCHES[@]} -eq 0 ]; then
@@ -86,11 +73,11 @@ for entry in "${BRANCHES[@]}"; do
   echo "| Slug | Title |" >> "$INDEX"
   echo "|------|-------|" >> "$INDEX"
 
-  for f in $(printf '%s\n' "${FILES[@]}" | sort); do
+  while IFS= read -r f; do
     slug=$(basename "$f" .md)
     title=$(head -1 "$f" | sed 's/^# //')
     echo "| [[$slug]] | $title |" >> "$INDEX"
-  done
+  done < <(printf '%s\n' "${FILES[@]}" | sort)
 
   echo "" >> "$INDEX"
 done
diff --git a/scripts/lint.sh b/scripts/lint.sh
index 1d3229a..8f0a18a 100644
--- a/scripts/lint.sh
+++ b/scripts/lint.sh
@@ -19,7 +19,7 @@ for f in "$WIKI_DIR"/*.md; do
   [ -f "$f" ] || continue
   slug=$(basename "$f" .md)
   # Skip index and log
-  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" ]] && continue
+  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" || "$slug" == "_template" || "$slug" == "README" ]] && continue
   SLUGS["$slug"]=1
 done
 
@@ -32,7 +32,7 @@ FOUND_GHOST=0
 for f in "$WIKI_DIR"/*.md; do
   [ -f "$f" ] || continue
   slug=$(basename "$f" .md)
-  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" ]] && continue
+  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" || "$slug" == "_template" || "$slug" == "README" ]] && continue
 
   # Extract all [[...]] links
   while IFS= read -r link; do
@@ -66,7 +66,7 @@ done
 for f in "$WIKI_DIR"/*.md; do
   [ -f "$f" ] || continue
   slug=$(basename "$f" .md)
-  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" ]] && continue
+  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" || "$slug" == "_template" || "$slug" == "README" ]] && continue
 
   while IFS= read -r link; do
     target="${link%%|*}"
@@ -97,7 +97,7 @@ FOUND_FORMAT=0
 for f in "$WIKI_DIR"/*.md; do
   [ -f "$f" ] || continue
   slug=$(basename "$f" .md)
-  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" ]] && continue
+  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" || "$slug" == "_template" || "$slug" == "README" ]] && continue
 
   # 3a. First line must be # title
   first_line=$(head -1 "$f")
@@ -135,7 +135,7 @@ PATTERNS='最新版|目前最新|currently v|latest v|just released|剛出|剛
 for f in "$WIKI_DIR"/*.md; do
   [ -f "$f" ] || continue
   slug=$(basename "$f" .md)
-  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" ]] && continue
+  [[ "$slug" == "index" || "$slug" == "log" || "$slug" == "_template" || "$slug" == "README" ]] && continue
 
   matches=$(grep -nE "$PATTERNS" "$f" 2>/dev/null)
   if [ -n "$matches" ]; then