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Commit f7706f7

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Revert "Use free-function derivatives in metric tensor classes"
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‎src/mesh/christoffel_symbols.cxx‎

Lines changed: 67 additions & 48 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,6 +1,5 @@
11
#include "bout/christoffel_symbols.hxx"
22
#include "bout/coordinates.hxx"
3-
#include "bout/derivs.hxx"
43
#include "bout/mesh.hxx"
54

65
ChristoffelSymbols::ChristoffelSymbols(Coordinates& coordinates) {
@@ -25,63 +24,83 @@ ChristoffelSymbols::ChristoffelSymbols(Coordinates& coordinates) {
2524
const auto& g_13 = covariantMetricTensor.g13();
2625
const auto& g_23 = covariantMetricTensor.g23();
2726

28-
G1_11_m = 0.5 * g11 * DDX(g_11) + g12 * (DDX(g_12) - 0.5 * DDY(g_11))
29-
+ g13 * (DDX(g_13) - 0.5 * DDZ(g_11));
30-
G1_22_m = g11 * (DDY(g_12) - 0.5 * DDX(g_22)) + 0.5 * g12 * DDY(g_22)
31-
+ g13 * (DDY(g_23) - 0.5 * DDZ(g_22));
32-
G1_33_m = g11 * (DDZ(g_13) - 0.5 * DDX(g_33)) + g12 * (DDZ(g_23) - 0.5 * DDY(g_33))
33-
+ 0.5 * g13 * DDZ(g_33);
34-
G1_12_m = 0.5 * g11 * DDY(g_11) + 0.5 * g12 * DDX(g_22)
35-
+ 0.5 * g13 * (DDY(g_13) + DDX(g_23) - DDZ(g_12));
36-
G1_13_m = 0.5 * g11 * DDZ(g_11) + 0.5 * g12 * (DDZ(g_12) + DDX(g_23) - DDY(g_13))
37-
+ 0.5 * g13 * DDX(g_33);
38-
G1_23_m = 0.5 * g11 * (DDZ(g_12) + DDY(g_13) - DDX(g_23))
39-
+ 0.5 * g12 * (DDZ(g_22) + DDY(g_23) - DDY(g_23))
40-
// + 0.5 *g13*(DDZ(g_32) + DDY(g_33) - DDZ(g_23));
41-
// which equals
42-
+ 0.5 * g13 * DDY(g_33);
27+
G1_11_m = 0.5 * g11 * coordinates.DDX(g_11)
28+
+ g12 * (coordinates.DDX(g_12) - 0.5 * coordinates.DDY(g_11))
29+
+ g13 * (coordinates.DDX(g_13) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_11));
30+
G1_22_m = g11 * (coordinates.DDY(g_12) - 0.5 * coordinates.DDX(g_22))
31+
+ 0.5 * g12 * coordinates.DDY(g_22)
32+
+ g13 * (coordinates.DDY(g_23) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_22));
33+
G1_33_m = g11 * (coordinates.DDZ(g_13) - 0.5 * coordinates.DDX(g_33))
34+
+ g12 * (coordinates.DDZ(g_23) - 0.5 * coordinates.DDY(g_33))
35+
+ 0.5 * g13 * coordinates.DDZ(g_33);
36+
G1_12_m =
37+
0.5 * g11 * coordinates.DDY(g_11) + 0.5 * g12 * coordinates.DDX(g_22)
38+
+ 0.5 * g13
39+
* (coordinates.DDY(g_13) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDZ(g_12));
40+
G1_13_m =
41+
0.5 * g11 * coordinates.DDZ(g_11)
42+
+ 0.5 * g12
43+
* (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDY(g_13))
44+
+ 0.5 * g13 * coordinates.DDX(g_33);
45+
G1_23_m =
46+
0.5 * g11 * (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDY(g_13) - coordinates.DDX(g_23))
47+
+ 0.5 * g12
48+
* (coordinates.DDZ(g_22) + coordinates.DDY(g_23) - coordinates.DDY(g_23))
49+
// + 0.5 *g13*(coordinates.DDZ(g_32) + coordinates.DDY(g_33) - coordinates.DDZ(g_23));
50+
// which equals
51+
+ 0.5 * g13 * coordinates.DDY(g_33);
4352

44-
G2_11_m = 0.5 * g12 * DDX(g_11) + g22 * (DDX(g_12) - 0.5 * DDY(g_11))
45-
+ g23 * (DDX(g_13) - 0.5 * DDZ(g_11));
46-
G2_22_m = g12 * (DDY(g_12) - 0.5 * DDX(g_22)) + 0.5 * g22 * DDY(g_22)
47-
+ g23 * (DDY(g23) - 0.5 * DDZ(g_22));
48-
G2_33_m = g12 * (DDZ(g_13) - 0.5 * DDX(g_33)) + g22 * (DDZ(g_23) - 0.5 * DDY(g_33))
49-
+ 0.5 * g23 * DDZ(g_33);
50-
G2_12_m = 0.5 * g12 * DDY(g_11) + 0.5 * g22 * DDX(g_22)
51-
+ 0.5 * g23 * (DDY(g_13) + DDX(g_23) - DDZ(g_12));
53+
G2_11_m = 0.5 * g12 * coordinates.DDX(g_11)
54+
+ g22 * (coordinates.DDX(g_12) - 0.5 * coordinates.DDY(g_11))
55+
+ g23 * (coordinates.DDX(g_13) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_11));
56+
G2_22_m = g12 * (coordinates.DDY(g_12) - 0.5 * coordinates.DDX(g_22))
57+
+ 0.5 * g22 * coordinates.DDY(g_22)
58+
+ g23 * (coordinates.DDY(g23) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_22));
59+
G2_33_m = g12 * (coordinates.DDZ(g_13) - 0.5 * coordinates.DDX(g_33))
60+
+ g22 * (coordinates.DDZ(g_23) - 0.5 * coordinates.DDY(g_33))
61+
+ 0.5 * g23 * coordinates.DDZ(g_33);
62+
G2_12_m =
63+
0.5 * g12 * coordinates.DDY(g_11) + 0.5 * g22 * coordinates.DDX(g_22)
64+
+ 0.5 * g23
65+
* (coordinates.DDY(g_13) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDZ(g_12));
5266
G2_13_m =
53-
// 0.5 *g21*(DDZ(g_11) + DDX(g13()) - DDX(g_13))
67+
// 0.5 *g21*(coordinates.DDZ(g_11) + coordinates.DDX(covariantMetricTensor.Getg13()) - coordinates.DDX(g_13))
5468
// which equals
55-
0.5 * g12 * (DDZ(g_11) + DDX(g_13) - DDX(g_13))
56-
// + 0.5 *g22*(DDZ(g21()) + DDX(g_23) - DDY(g_13))
69+
0.5 * g12 * (coordinates.DDZ(g_11) + coordinates.DDX(g_13) - coordinates.DDX(g_13))
70+
// + 0.5 *g22*(coordinates.DDZ(covariantMetricTensor.Getg21()) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDY(g_13))
5771
// which equals
58-
+ 0.5 * g22 * (DDZ(g_12) + DDX(g_23) - DDY(g_13))
59-
// + 0.5 *g23*(DDZ(g31()) + DDX(g_33) - DDZ(g_13));
72+
+ 0.5 * g22
73+
* (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDY(g_13))
74+
// + 0.5 *g23*(coordinates.DDZ(covariantMetricTensor.Getg31()) + coordinates.DDX(g_33) - coordinates.DDZ(g_13));
6075
// which equals
61-
+ 0.5 * g23 * DDX(g_33);
62-
G2_23_m = 0.5 * g12 * (DDZ(g_12) + DDY(g_13) - DDX(g_23)) + 0.5 * g22 * DDZ(g_22)
63-
+ 0.5 * g23 * DDY(g_33);
76+
+ 0.5 * g23 * coordinates.DDX(g_33);
77+
G2_23_m =
78+
0.5 * g12 * (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDY(g_13) - coordinates.DDX(g_23))
79+
+ 0.5 * g22 * coordinates.DDZ(g_22) + 0.5 * g23 * coordinates.DDY(g_33);
6480

65-
G3_11_m = 0.5 * g13 * DDX(g_11) + g23 * (DDX(g_12) - 0.5 * DDY(g_11))
66-
+ g33 * (DDX(g_13) - 0.5 * DDZ(g_11));
67-
G3_22_m = g13 * (DDY(g_12) - 0.5 * DDX(g_22)) + 0.5 * g23 * DDY(g_22)
68-
+ g33 * (DDY(g_23) - 0.5 * DDZ(g_22));
69-
G3_33_m = g13 * (DDZ(g_13) - 0.5 * DDX(g_33)) + g23 * (DDZ(g_23) - 0.5 * DDY(g_33))
70-
+ 0.5 * g33 * DDZ(g_33);
81+
G3_11_m = 0.5 * g13 * coordinates.DDX(g_11)
82+
+ g23 * (coordinates.DDX(g_12) - 0.5 * coordinates.DDY(g_11))
83+
+ g33 * (coordinates.DDX(g_13) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_11));
84+
G3_22_m = g13 * (coordinates.DDY(g_12) - 0.5 * coordinates.DDX(g_22))
85+
+ 0.5 * g23 * coordinates.DDY(g_22)
86+
+ g33 * (coordinates.DDY(g_23) - 0.5 * coordinates.DDZ(g_22));
87+
G3_33_m = g13 * (coordinates.DDZ(g_13) - 0.5 * coordinates.DDX(g_33))
88+
+ g23 * (coordinates.DDZ(g_23) - 0.5 * coordinates.DDY(g_33))
89+
+ 0.5 * g33 * coordinates.DDZ(g_33);
7190
G3_12_m =
72-
// 0.5 *g31*(DDY(g_11) + DDX(g12()) - DDX(g_12))
91+
// 0.5 *g31*(coordinates.DDY(g_11) + coordinates.DDX(covariantMetricTensor.Getg12()) - coordinates.DDX(g_12))
7392
// which equals to
74-
0.5 * g13 * DDY(g_11)
75-
// + 0.5 *g32*(DDY(g21()) + DDX(g_22) - DDY(g_12))
93+
0.5 * g13 * coordinates.DDY(g_11)
94+
// + 0.5 *g32*(coordinates.DDY(covariantMetricTensor.Getg21()) + coordinates.DDX(g_22) - coordinates.DDY(g_12))
7695
// which equals to
77-
+ 0.5 * g23 * DDX(g_22)
78-
//+ 0.5 *g33*(DDY(g31()) + DDX(g32()) - DDZ(g_12));
96+
+ 0.5 * g23 * coordinates.DDX(g_22)
97+
//+ 0.5 *g33*(coordinates.DDY(covariantMetricTensor.Getg31()) + coordinates.DDX(covariantMetricTensor.Getg32()) - coordinates.DDZ(g_12));
7998
// which equals to
80-
+ 0.5 * g33 * (DDY(g_13)) + DDX(g_23) - DDZ(g_12);
81-
G3_13_m = 0.5 * g13 * DDZ(g_11) + 0.5 * g23 * (DDZ(g_12) + DDX(g_23) - DDY(g_13))
82-
+ 0.5 * g33 * DDX(g_33);
83-
G3_23_m = 0.5 * g13 * (DDZ(g_12) + DDY(g_13)) - DDX(g_23) + 0.5 * g23 * DDZ(g_22)
84-
+ 0.5 * g33 * DDY(g_33);
99+
+ 0.5 * g33 * (coordinates.DDY(g_13)) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDZ(g_12);
100+
G3_13_m = 0.5 * g13 * coordinates.DDZ(g_11) + 0.5 * g23 * (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDX(g_23) - coordinates.DDY(g_13))
101+
+ 0.5 * g33 * coordinates.DDX(g_33);
102+
G3_23_m = 0.5 * g13 * (coordinates.DDZ(g_12) + coordinates.DDY(g_13)) - coordinates.DDX(g_23) + 0.5 * g23 * coordinates.DDZ(g_22)
103+
+ 0.5 * g33 * coordinates.DDY(g_33);
85104

86105
output_progress.write("\tCommunicating connection terms\n");
87106

‎src/mesh/g_values.cxx‎

Lines changed: 3 additions & 4 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,6 +1,5 @@
11
#include "bout/g_values.hxx"
22
#include "bout/coordinates.hxx"
3-
#include "bout/derivs.hxx"
43
#include "bout/mesh.hxx"
54

65
GValues::GValues(const Coordinates& coordinates) {
@@ -17,13 +16,13 @@ GValues::GValues(const Coordinates& coordinates) {
1716

1817
auto tmp = J * g12;
1918
Coordinates::communicate(tmp);
20-
G1_m = (DDX(J * g11) + DDY(tmp) + DDZ(J * g13)) / J;
19+
G1_m = (coordinates.DDX(J * g11) + coordinates.DDY(tmp) + coordinates.DDZ(J * g13)) / J;
2120
tmp = J * g22;
2221
Coordinates::communicate(tmp);
23-
G2_m = (DDX(J * g12) + DDY(tmp) + DDZ(J * g23)) / J;
22+
G2_m = (coordinates.DDX(J * g12) + coordinates.DDY(tmp) + coordinates.DDZ(J * g23)) / J;
2423
tmp = J * g23;
2524
Coordinates::communicate(tmp);
26-
G3_m = (DDX(J * g13) + DDY(tmp) + DDZ(J * g33)) / J;
25+
G3_m = (coordinates.DDX(J * g13) + coordinates.DDY(tmp) + coordinates.DDZ(J * g33)) / J;
2726

2827
G1_m.getMesh()->communicate(G1_m, G2_m, G3_m);
2928
}

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