В git только *.example.yaml и prompts/*.example.txt (только комментарии # у personalized, generic_en — рабочий EN-текст). Локальные prompts/*.txt — gitignore.
../../scripts/setup_agent_config.shСоздаёт при отсутствии: platform.yaml, memory/models/routing/tools.yaml, prompts/*.txt, user_profile.md. capabilities.yaml не создаёт — см. CAPABILITIES.md (apply_capabilities_profile.py --write или omit file = full product).
См. docs/AGENT_CONFIG.md.
Профиль: user_profile.md.example — шаблон; реальный user_profile.md в gitignore.