R语言3-R简介：R语言学习资源 #25
Description
https://siyangming.github.io/blogs/R_3-R_resources/
R书籍
R在线图书发表
bookdown：https://bookdown.org/
初级入门
《An Introduction to R》：R语言入门，R语言笔记:数据分析与绘图的编程环境
R语言简介英文版：https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.pdf
中文版：https://github.com/SiYangming/files/blob/main/docs/2006%20-%20R.pdf
英文版：https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf
中文版：https://cran.r-project.org/doc/contrib/Ding-R-intro_cn.pdf
《R4Beginners》：https://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
R 常见问题解答：153 分钟学会 R
R常见问题英文版：https://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html
R常见问题中文版：https://cran.r-project.org/doc/contrib/Liu-FAQ.pdf
153 分钟学会 R：https://cran.r-project.org/doc/contrib/Liu-FAQ.pdf
《统计建模与R软件》
《R Cookbook》：https://rc2e.com/
《Cookbook for R》
英文原版：http://www.cookbook-r.com/
Cookbook for R 中文版：https://openbiox.github.io/Cookbook-for-R-Chinese/index.html
R语言实战（第2版）、《R in action》：https://yangming6863.gitbook.io/r-bioinformatics/v/r-in-action/
《R in a Nutshell》：https://www.oreilly.com/library/view/r-in-a/9781449358204/
https://zh.book4you.org/book/1207649/2f95ad
https://zh.book4you.org/book/5664419/322139
高级
《Statistics with R》
《The R book》
绘图与可视化
《R Graphics》
《R Graphics Cookbook》
《Lattice:Multivariate Data Visualization with R》
《ggplot2:Elegant Graphics for Data Analysis》
《Data Mining with Rattle and R》
《Interactive and Dynamic Graphics for Data Analysis With R and GGobi》
现代统计图形：https://bookdown.org/xiangyun/msg/
生物信息学
《R语言与Bioconductor生物信息学应用》作者:高山，欧剑虹
《R Programming for Bioinformatics》
R语言与统计生物信息学：
https://www.elsevier.com/books/statistical-bioinformatics-with-r/mathur/978-0-12-375104-1
R Bioinformatics Cookbook，使用 R 和 Bioconductor 执行 RNAseq、基因组学、数据可视化和生物信息学分析：https://www.packtpub.com/product/r-bioinformatics-cookbook/9781789950694
Bioinformatics with R Cookbook，计算生物学家使用 R 建模和处理现实数据的 90 多种实用方法：https://github.com/SiYangming/Bioinformatics-with-R-Cookbook
R统计学习：ddalpiaz.github.io/r4sl/index.html
R与生物信息：https://yangming6863.gitbook.io/r-bioinformatics/
时间序列分析
《Time Series Analysis and Its Applications :with R examples》
《Analysis of financial time series》
《Analysis of Integrated and Cointegrated Time Series with R》
《Wavelet Methods in Statistics with R》
计量经济学
《Econometrics In R》
《Applied Econometrics with R》
金融
《Advanced Topics in Analysis of Economic and Financial Data Using R》
《Modelling Financial Time Series With S-plus》
《Simulation Inference Stochastic Differential Equations:with R examples》
《Simulation Techniques in Financial Risk Management》
《Modern Actuarial Risk Theory Using R》
《Quantitative Risk Management:Concepts, Techniques and Tools》
《Portfolio Optimization with R》
《Option Pricing and Estimation of Financial Models with R》。
数据挖掘
《Data Mining with R:learing with case studies》
《Data Mining explain using R》
其他未分类
Springer的Use R!系列图书：https://link.springer.com/bookseries/6991
R官方书单：http://www.r-project.org/doc/bib/R-books.html
《R for Data Science》的中译版（英文版链接：http://r4ds.had.co.nz/）
《A Handbook of Statistical Analyses_Using_R》
《Modern Applied Statistics With S》
《Introduction to Scientific Programming and Simulation Using R》
《Mastering Scientific Computing with R》
《Practical Data Science with R》
《software for data analysis programming with R》
有点乱了，持续更新，慢慢归类！！
R和RStudio安装
Rstudio
内网访问rstudio：https://dashboard.ngrok.com/
R
RStudio-server 配置：https://www.jianshu.com/p/1227a73d2b45
windows电脑使用Rstudio有多少错误呢：http://www.bio-info-trainee.com/3925.html
R包生物医学分析
reshape：长短数据转换
reshape：http://had.co.nz/reshape/
利用reshape2包进行数据逆透视和数据透视 - 简书：https://www.jianshu.com/p/36f5268e932c
https://cran.r-project.org/web/packages/reshape2/index.html
ggvis可视化：https://ggvis.rstudio.com/
shiny类
shiny的UI进阶设计：https://unleash-shiny.rinterface.com/
shiny和SQL数据库：https://bookdown.org/msharkey3434/ShinyDB_Book/
R, plotly, shinyR, plotly和shiny：https://plotly-r.com/
R视频课程/课件
R编程：https://www.youtube.com/c/RProgrammingDDS
【生信技能树】生信人应该这样学R语言：https://www.bilibili.com/video/av25643438
【生信技能树】公共数据库挖掘实例（基于R语言）：https://www.bilibili.com/video/av37568990
R语言入门生信应用基础课程：https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1209044861
R语言入门数据分析：https://ke.qq.com/course/366588
生物信息学入门基础讲座的R部分：https://ke.qq.com/course/270841
PlottinginRforBiologists：https://marianattestad.com/blog
数据：https://github.com/SiYangming/R_for_biologists
代码示例：https://colab.research.google.com/drive/1arTuu8URrnvvPsVhEgmetxF1-YkhHDRI?usp=sharing
12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
ggplot2自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将graphs 分解成scales和layers，并将原始数据与表现形式分离开。
具体使用可见下面简化示例和后面列出的往期绘图文章。
如果你是ggplot2的众多粉丝之一，你会发现自己有时想要寻找更多“花哨”的形式来扩展它的功能。幸运的是，在过去10年里，R社区一直在努力为ggplot2构建扩展包，到如今已有超过40个扩展包可供使用，今天为要介绍的是大家比较钟爱的12个ggplot2扩展包，想要查看所有ggplot2扩展包的介绍及使用例子，请浏览官网：
http://www.ggplot2-exts.org/gallery/
（有一部分扩展包未收录在内）
1 gganimate
作者： David Robinson
网址 ：
https://www.rdocumentation.org/packages/gganimate或 https://github.com/thomasp85/gganimate（新版）
简介： gganimate可以使图片以更加生动形象的动图展示出来，可以直观展示数据的动态变化过程，最后我们可以将动画保存为GIF、视频或动画网页，以便在RStudio或笔记本之外使用。如下面这个例子以动态图展现了历年来诺贝尔获奖者出生地的变化情况，《利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况》一文中有更详细的事例展示如何使用此包。
2 ggthemes
作者： Jeffrey B. Arnold
网址：
https://www.rdocumentation.org/packages/ggthemes
简介： ggthemes主要作用是提供一些额外的themes、geoms、scales可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。学术图表基本配色方法
3 ggpubr
作者： Alboukadel Kassambara
网址 ：
https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr
简介： 要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，而ggpubr可轻松绘制出符合出版物要求的图形。
4 patchwork
作者： Thomas Pedersen
网址：
https://www.rdocumentation.org/packages/patchwork
简介： 平常我们绘制图形的时候常常要将几幅图形组合在一起，而ggplot2本身没有强大的拼图语法，这时利用patchwork扩展包，使用几个简单的如/、+、*、^等符号就可以轻松实现拼图这件事。还有其它包也可以做类似事情，具体见ggplot2学习笔记之图形排列。
5 ggridges
作者： Claus O. Wilke
网址：
https://www.rdocumentation.org/packages/ggridges
简介： ggridges包主要用来绘制山峦图。尤其是针对时间或者空间分布可视化具有十分好的效果。
6 ggdendro
作者： Andrie de Vries
网址：
https://www.rdocumentation.org/packages/ggdendro
简介： ggdendro有几个函数可用来提取树状图数据，可以保存或操作数据本身。旋转你的树状图、删除网格背景、倒转scale，画三角线段，创建diana和Agnes聚类图，等等。结合dendextend和ape包来完全控制你的树状图。
7 ggmap
作者： David Kahle
网址：
https://www.rdocumentation.org/packages/ggmap
简介： ggmap包整合了四种地图资源，分别是Google、OpenStreetMaps、Stamen，它使gplot2的所有geoms都可以用于地图可视化，可以在地图上绘制等高线图或散点图。
8 ggrepel
作者： Kamil Slowikowski
网址：
https://cran.r-project.org/web/packages/ggrepel
简介： 当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，ggrepel包可以解决这个问题，具体见ggrepel使用。
9 ggcorrplot
作者： Alboukadel Kassambara
网址： https://github.com/kassambara/ggcorrplot
简介： ggcorrart是受corrplot包的启发，但它的构建是为了与ggplot2一起使用，这就意味着有很多东西可以让我们控制矩阵的外观，从改变颜色、形状或大小(如下面的圆形矩阵)，到添加系数标签，根据层次聚类重新排列矩阵等等，具体见 ggcorplot使用。
10 ggradar
作者： Ricardo Bion
网址： https://github.com/ricardo-bion/ggradar
简介： 雷达图又叫戴布拉图、蜘蛛网图，通常在财务报表分析中使用较多。但在描述性统计分析中，雷达图正在被越来越多的人使用，适用于显示三个或更多的维度的变量。
11 GGally
作者： Barret Schloerke
网址： http://ggobi.github.io/ggally/
简介： GGally汇集了几个有用的可视化功能来扩展ggplot2，包括配对图矩阵，散点图矩阵，平行坐标图，生存图，以及绘制网络的几个函数。可以使用GGally快速绘制模型的系数，或者在地图上绘制网络，如下面的图片所示。
12 ggiraph
作者：David Gohel
网址： http://davidgohel.github.io/ggiraph
简介： ggiraph可以给图片添加高级交互或动画，可以扩展现有的ggplot2条形图、散点图、方框图、地图等，并在悬停时显示数据信息(例如数据值或标签)，如下图所示。
更多扩展包见官网 http://www.ggplot2-exts.org/gallery/
ggplot2绘图书：https://ggplot2-book.org/
网络图
ggraph：https://ggraph.data-imaginist.com/
tidygraph：https://tidygraph.data-imaginist.com/
R常见问题
R语言︱大数据集下运行内存管理：https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/51114265
在线资料
CRAN资料(http://cran.r-project.org)
Manuals
FAQs
Contributed
R-blogger：http://www.r-bloggers.com/
R语言资源汇总：https://github.com/qinwf/awesome-R
Bioconductor课程：http://www.bioconductor.org/help/course-materials/
斯坦福的Bioconductor课程：https://web.stanford.edu/class/bios221/about.html
https://github.com/dlsun/ohms
R Package Documentation：https://rdrr.io/
Biostars的R专题：https://www.biostars.org/t/R/
生信菜鸟团R主题：http://www.bio-info-trainee.com/tag/r
Biocondctor中文：http://www.biotrainee.com/forum-148-1.html
R 的shiny交互网页：http://www.biotrainee.com/forum-149-1.html
生信技能树论坛：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=39&filter=typeid&typeid=22
R语言搜索引擎：http://www.rseek.org/
R函数在线帮助：http://www.rdocumentation.org/
关于R的问答网站：http://stackoverflow.com/questions/tagged/r
一个入门级的R在线教程：http://tryr.codeschool.com/
交互式的R在线教程：https://www.datacamp.com
统计之都：http://cos.name/)](http://cos.name/
我的博客：http://xccds1977.blogspot.com/
美国计算机世界杂志提供的Ｒ语言初学者入门资料：http://www.computerworld.com/s/article/9239625/Beginner_s_guide_to_R_Introduction
各种cheatsheet
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf
RStudio Cheatsheets：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
R函数在线参考文档：https://rdrr.io/
https://rnotebook.io/anon/ea5bf6c2c84d6350/notebooks/R%E5%9F%BA%E7%A1%80.ipynb