R语言5-R简介：R语言扩展包

[SiYangming]

https://siyangming.github.io/blogs/R_5-R_packages/

utils包中的*.packages函数管理CRAN源的扩展包
BiocManager管理bioconductor中的扩展包
devtools安装开发中扩展包
githubinstall安装github上的扩展包
utils包中的*.packages函数

修改CRAN的镜像源（官方的软件源在国外，速度会受影响）
options(“repos” = c(CRAN=”https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”))


列出所有当前可用扩展包

available.packages()
                            Package                         Version       
A3                            “A3”                            “1.0.0”       
abbyyR                        “abbyyR”                        “0.5.4”       
abc                           “abc”                           “2.1”         
……
函数返回一个矩阵形式的扩展包列表，包括软件包名称及当前最新版本


安装扩展包

install.packages(“PackageName”)


查看已安装的软件包

installed.packages(“PackageName”)


更新软件包
更新特定扩展包

update.packages(“PackageName”)
更新所有软件包
update.packages()


移除扩展包

remove.packages(“PackageName”)

BiocManager：管理bioconductor中的扩展包

if (!”BiocManager” %in% rownames(installed.packages()))
   install.packages(“BiocManager”)
修改biocondutor的镜像
options(BioC_mirror=”https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)


列出所有可以安装的R扩展包

BiocManager::available()


安装扩展包

BiocManager::install(“PackageName”)
由于许多biocondutor扩展包是依赖CRAN上的扩展包的，因此，BiocManager::install()也可以用来安装CRAN的扩展包
同时安装多个扩展包
pkgs <- c(“PackageName1”, “PackageName2”, “PackageName3”,…)
BiocManager::install(pkgs)

devtools安装开发中扩展包
https://cran.r-project.org/package=devtools

devtools包含了一系列用来开发R包的工具。

install.packages(