仓库根/
├── assets/ # README 主图、论文示意图 PDF 与内嵌预览 PNG
├── seq_annotation/ # 包：FASTA+PDB 注释（annotate.py + __main__.py）
├── seqstudio_pipeline/ # 包：UniProt JSON.gz 注释（仅此名，无同名 .py）
├── utils/ # 共用
├── tools/ # 共用
├── scripts/ # 可选 Bash 封装
├── docs/
│ ├── GUIDE.md # ★ 统一手册（安装、数据、两条管线）
│ ├── LAYOUT.md # 本文件
│ └── README.md # 文档索引
├── data/raw_data/ # 已随仓库：go.json 等三文件（见该目录 README）
├── data/datasets/ # 可选：扁平 FASTA+PDB 数据集
├── examples/ # 小示例
├── setup.sh
├── environment.yml
├── requirements.txt
├── README.md # 项目首页（English，GitHub 默认）
└── README_zh.md # 项目首页（中文）
两条并列的用户入口（Python）：
| 输入 | 命令 |
|---|---|
| FASTA + PDB | python -m seq_annotation |
| UniProt JSON.gz | python -m seqstudio_pipeline |
不再使用根目录 seqstudio_pipeline.py，避免与 seqstudio_pipeline/ 包名混淆。