plot_Treemix.R

#==========4 最佳迁移边缘个数选择==========
# install.packages("OptM")
# 将生成的llik、cov、modelcov文件放置在同意文件夹，使用R包OptM分析：
rm(list=ls())
library(OptM)

linear = optM("./new")## 文件夹名
plot_optM(linear)
# 生成图中，当Δm值最小时的migration edges为最佳迁移边缘个数

#===========5.1 基因渗入作图===============
# 使用m=最佳迁移边缘个数结果文件做图
source("D:/R/treemix/plotting_funcs.R") #treemix scr文件夹中R脚本
setwd("D:/桌面/cattle-chip/treemix/no-indicus")
plot_tree("sample.3.2") #TreeMix为结果文件前缀

##=====5.2 绘制混合树====
prefix="sample.3"  ## treemix产生的结果文件前缀

library(RColorBrewer)
library(R.utils)
par(mfrow=c(2,3))
for(edge in 1:3){
  plot_tree(cex=0.8,paste0(prefix,".",edge))
  title(paste(edge,"repetition"))
} # 放的是m012345，则0:5 
#绘制残差图
for(edge in 1:3){
  plot_resid(stem=paste0(prefix,".",edge),pop_order="id.txt")
}