conda安装iseq调用aspera失败

[dongdongdong0203]

BioOmics团队
您好，
首先，非常感谢你们开发了一个非常适合中国宝宝体质的iseq程序。
目前软件运行非常顺畅，但是调用不了aspera软件，我单独测试后，更改iseq脚本中executeAspera函数，将$ascpKeyFile直接替换为conda环境中aspera_bypass_rsa.pem的绝对路径，iseq即可调用aspera。

我不清楚是不是只有我有这个问题，我在几台服务器以及我自己电脑中的WSL系统中都无法调用aspera，但是做了上述操作即可使用。希望你们可以进一步优化程序，为大家提供更多更优质的程序。

最后，拜个早年，希望新的一年科研顺利，成果多多~

RUAN Donglin

[BioOmics]

非常感谢，

年后我们将进行debug，完善后会给您说。

祝好！蛇年快乐！

[BioOmics]

@dongdongdong0203 您好！

目前，我们测试iSeq v1.5 运行良好，如下：

为了帮助你debug，您可以查看是否自己在环境中哪里安装过ascp：

ascpPath=$(command -v ascp)
ascpKeyFile1=$(dirname $ascpPath)/../etc/aspera/aspera_bypass_rsa.pem
ascpKeyFile2=$(dirname $ascpPath)/../etc/aspera_tokenauth_id_rsa
if [[ -f $ascpKeyFile1 ]]; then
    ascpKeyFile=$ascpKeyFile1
    echo $ascpKeyFile
elif [[ -f $ascpKeyFile2 ]]; then
    ascpKeyFile=$ascpKeyFile2
    echo $ascpKeyFile
else
    echo -e "\033[1;31mError\033[0m: Aspera key file not found in the path: \033[1;31m$ascpKeyFile1\033[0m OR \033[1;31m$ascpKeyFile2\033[0m"
    echo -e "\033[1;32mHow to solve?\033[0m Please copy the Aspera key file in the above path and rename it"
fi

其中打印的$ascpKeyFile应该会定位到你的conda环境中aspera_bypass_rsa.pem的绝对路径(如：/mnt/miniconda3/envs/iseq/bin/../etc/aspera/aspera_bypass_rsa.pem)，具体代码在iSeq的这里L241，您可以安装最新版再次尝试一下，如果依然有问题，欢迎反馈

感谢您的使用与建议！

[dongdongdong0203]

感谢您的及时回复，我后续将继续测试，若有其他问题我再跟你们请教，感谢🙏~