docs: full v0.3.0 biomimetic naming alignment across all documents

Three parallel agents rewrote all documentation:

MYCO.md: v0.3.0 version, "有机体" identity, biomimetic CLI list,
  removed upstream/discover refs, updated indicators

CONTRIBUTING.md + wiki/ + skills/: updated test counts, module paths,
  tool names, identity definitions

docs/ (12 files): agent_protocol, architecture, vision, WORKFLOW,
  craft_protocol, theory, evolution_engine, biomimetic_map,
  open_problems, reusable_system_design, operational_narratives,
  research_paper_craft — all old names replaced, identity aligned

281 tests PASS, 23/23 immune PASS.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>

Author: Yanjun

CONTRIBUTING.md

@@ -140,15 +140,15 @@ Myco/
 │   ├── seed_cmd.py        # Project initialization
 │   ├── graft.py         # Hot-start migration
 │   ├── immune.py            # 23-dimension consistency checker (L0-L22)
-│   ├── notes.py           # Atomic note engine (eat/digest/view)
+│   ├── notes.py           # Atomic note engine (eat/digest/observe)
 │   ├── condense_cmd.py    # Compression primitive
 │   ├── mycelium.py           # Structural link graph
-│   ├── mcp_server.py      # MCP tool server (19 tools)
+│   ├── mcp_server.py      # MCP sidecar server (19 tools)
 │   ├── memory.py        # Session transcript indexing
 │   ├── forage.py          # External material ingestion
 │   ├── templates.py       # Template resolution (importlib.resources)
 │   └── templates/         # Bundled project templates (single source of truth)
-├── tests/                 # 31 test files, 246 unit tests
+├── tests/                 # 31 test files, 281 unit tests
 ├── skills/                # Agent skill definitions
 ├── docs/                  # Framework documentation
 ├── scripts/               # Legacy standalone scripts

MYCO.md

@@ -110,8 +110,8 @@ project-root/
 ## W7: 系统化 Lint
 
 **频率**：长会话结束前 / 每 3 次短会话
-**工具**：`scripts/lint_knowledge.py` + `_canon.yaml`
-**运行方式**：`python scripts/lint_knowledge.py --project-dir .`（从 Myco repo 根目录）
+**工具**：`myco immune`（`src/myco/immune.py`）+ `_canon.yaml`
+**运行方式**：`python -m myco immune --project-dir .`（从 Myco repo 根目录）
 **更新流程**：先改 _canon.yaml → 运行 Lint → 逐一修复 → 再跑确认
 
 ---

docs/WORKFLOW.md

@@ -351,7 +351,7 @@ project:                    # 项目启动时填充
 在 Level 1 基础上：
   MYCO.md 升级为 Full (~300 行)
   创建 docs/operational_narratives.md
-  复制 lint_knowledge.py
+  安装 myco（pip install -e ".[mcp]"）
   完整 _canon.yaml (system: + project:)
   WORKFLOW.md 启用四个metabolic phase
 ```

docs/architecture.md

@@ -77,8 +77,7 @@ Myco 这个项目名取自真菌（*Myco*-rhizal = 菌根），但在 v1.4.0 之
 
 **Exoenzyme（胞外酶）**
 - 真菌分泌到细胞外的酶——先把环境里的大分子预消化，再吸收。
-- **对应 Myco 基质**：`scripts/`（`myco_init.py`, `myco_migrate.py`,
-  `lint_knowledge.py`）——这些脚本是基质分泌到"环境"里主动处理事情的工具，
+- **对应 Myco 基质**：`scripts/`——这些脚本是基质分泌到"环境"里主动处理事情的工具，
   不是基质的一部分但服务于它。src/myco/immune.py 本身也是 exoenzyme
   的核心——把原始文档预消化成 23 维一致性信号（v1.7.0 起新增 L14
   Forage Hygiene）。
@@ -183,7 +182,7 @@ Skeleton 保持 digestion 管道，overlay 通过本文档声明生物学映射
 v1.4.0 刚落地的 read/write 分离红线（`notes.py::record_view` 不触碰
 `last_touched`）是基质目前最年轻的架构约束。全面 rename 如果触及 `notes/`
 或 `notes.py`，有相当概率在批量改动中误伤红线。**年轻的红线必须被额外
-保护**——这是 Upstream Protocol §8.7 bootstrap 原则的一致应用。
+保护**——这是 Agent Protocol bootstrap 原则的一致应用。
 
 ---
 

docs/biomimetic_map.md

@@ -130,8 +130,8 @@ future machine extractors:
 
 Run a Craft when any of the following is true:
 
-1. **Kernel contract change** (Class Z in Upstream Protocol §8.2): any edit
-   to `docs/agent_protocol.md`, `_canon.yaml`, `scripts/lint_knowledge.py`,
+1. **Kernel contract change** (Class Z in Agent Protocol §1): any edit
+   to `docs/agent_protocol.md`, `_canon.yaml`,
    src/myco/immune.py, `src/myco/mcp_server.py`, or `src/myco/templates/**`.
    Minimum `target_confidence: 0.90`, `decision_class: kernel_contract`.
 
@@ -318,7 +318,7 @@ nothing forces rewrite.
 4. **Bootstrap file exemption.** The craft that introduced this protocol
    (`docs/primordia/craft_formalization_craft_2026-04-11.md`) intentionally
    omits `craft_protocol_version` to avoid recursive self-regulation,
-   symmetric with Upstream Protocol §8.7 bootstrap exemption.
+   symmetric with Agent Protocol bootstrap exemption.
 5. **Honor-system ceiling for agent-autonomous crafts** (Wave 12).
    With Wave 12's severity=HIGH, an agent under time pressure can
    still write a hollow craft with handwaved attacks to pass L15. The

docs/craft_protocol.md

@@ -90,7 +90,7 @@ open problem（谁维护 manifest？manifest 怎么演化？）。
 [`docs/primordia/archive/proactive_discovery_craft_2026-04-12.md`](primordia/archive/proactive_discovery_craft_2026-04-12.md)
 + `src/myco/notes.py::detect_inlet_trigger()` 实现了两条触发信号：
 (1) search miss 累积 >= `search_miss_threshold`（default 5，`_canon.yaml::system.inlet_triggers`）；
-(2) cohort gap count >= `gap_threshold`（default 3，由 `myco.cohorts.gap_detection` 驱动）。
+(2) cohort gap count >= `gap_threshold`（default 3，由 `myco.colony.gap_detection` 驱动）。
 任一触发 → hunger 报告包含 `inlet_ripe` advisory + `myco_colony gaps` 路径。
 4 个 seed tests（`tests/unit/test_absorb_trigger.py`）覆盖 no-trigger / miss-trigger / gap-trigger / disabled 场景。
 Wave 50 (v0.39.0) 进一步加了 `compression_pressure` metric + metabolic-cycle skill。

docs/open_problems.md

@@ -69,7 +69,7 @@ git -C C:\path\to\repo commit -F commit_msg.txt
 where myco  (cmd) / which myco  (bash)
 
 # Fallback 1: 直接调用脚本
-python scripts\lint_knowledge.py --project-dir .
+python -m myco immune --project-dir .
 
 # Fallback 2: 确认 editable install
 pip show myco  # 应显示 Location: ...src

docs/operational_narratives.md

@@ -36,7 +36,7 @@ LLM Agent 跨会话工作时面临的根本问题：**每次新会话都从零
 │          │              │              │                     │
 │CLAUDE.md │ wiki/*.md    │ operational  │ log.md             │
 │WORKFLOW  │ docs/primordia │ _narratives  │ _canon.yaml        │
-│.md       │              │ Context      │ lint_knowledge.py  │
+│.md       │              │ Context      │ myco immune        │
 │          │              │ Priming      │                     │
 └──────────┴──────────────┴──────────────┴────────────────────┘
 ```
@@ -208,7 +208,7 @@ project:                             # 项目特有
   # ... 项目特定的数字、名称、阈值
 ```
 
-**lint_knowledge.py（自动化 Lint）**：
+**myco immune（自动化 Lint）**：
 
 对照 _canon.yaml 检查全局一致性。建议检查维度（按项目裁剪）：
 1. L0 Canon 自检（_canon.yaml 完整性）
@@ -391,7 +391,7 @@ mkdir my-project && cd my-project
 在 Level 1 基础上：
 CLAUDE.md 升级为 Full 版（~300 行）
 创建 docs/operational_narratives.md（首次 ≥2 失败后填充）
-复制并适配 scripts/lint_knowledge.py
+安装 myco（pip install -e ".[mcp]"）
 创建 _canon.yaml（含 system: + project: 两节）
 在 WORKFLOW.md 中启用进化引擎（四个metabolic phase全部激活）
 ```
@@ -477,7 +477,7 @@ project_template 在 ASCC 之外从未被测试过。声称通用但缺乏验证
 | 工具 | 状态 | 说明 |
 |------|------|------|
 | `scripts/compress_original.py` | ✅ 原型就绪 | 6 条压缩规则 + 保护区域 + 验证功能 |
-| `lint_knowledge.py` L8 | ✅ 已集成 | .original 时间戳差异检测 |
+| `myco immune` L8 | ✅ 已集成 | .original 时间戳差异检测 |
 | `.original.md` 工作流 | ⏳ 待实战 | 需要在一个真实文档上验证完整流程 |
 
 **v2.5 启动条件**：选一个现有 wiki 页面，创建其 `.original.md` 版本，验证 compress → lint → 编辑 → 重新 compress 的完整闭环。

docs/reusable_system_design.md

@@ -93,7 +93,7 @@ Polanyi（1966）："我们能知道的比能说出来的多。" AI agent 在操
 
 ## 五、核心主张（Claims）
 
-**C1（本质）**：Myco 是可自进化的 AI 延伸认知基质——第一个在工程层面实现三环学习的 agent 认知外部化系统。
+**C1（本质）**：Myco 是可自进化的 AI 共生认知有机体——第一个在工程层面实现三环学习的 agent 认知外部化系统。
 
 **C2（差异）**：现有 agent 记忆系统（MemGPT, A-MEM, RAG）解决"记住了什么"；Myco 解决"知识质量、操作经验显性化、认知架构自进化"这三个更高层次的问题。