database_creation

[vipmenon]

would it be possible to share how the databases were built. To make specific database based on the project requirement?

Thank you

[ARYrt]

Hello, Sorry for the late reply. You can create the database from a fasta file, following the steps in the link below: https://ncbi.github.io/magicblast/cook/blastdb.html Regards, Ary El lun, 4 abr 2022 a la(s) 22:24, vipmenon ***@***.***) escribió:

…

would it be possible to share how the databases were built. To make specific database based on the project requirement? Thank you — Reply to this email directly, view it on GitHub <#1>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/APEHJS3HFMLRP6E75MQRPCTVDOW55ANCNFSM5SRMHITA> . You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

-- *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web  www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.

[vipmenon]

Thank you. How was the path_to_db_tsv file generated? The file is located in Database filename : database_viral.tsv

[ARYrt]

Hello, At that time I did web scraping through Python from NCBI Nucleotide <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore>. But now, almost all the information can be extracted in a predetermined format from NCBI Virus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Nucleotide&SourceDB_s=RefSeq> : [image: image.png] El lun, 11 abr 2022 a la(s) 11:14, vipmenon ***@***.***) escribió:

…

Thank you. How was the path_to_db_tsv file generated? The file is located in Database filename : database_viral.tsv — Reply to this email directly, view it on GitHub <#1 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/APEHJS37MLYBCWGS56KFLYTVERFX3ANCNFSM5SRMHITA> . You are receiving this because you commented.Message ID: ***@***.***>

-- *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web  www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.